這一方法原于McMaster和Carmichael(1977)。 含有乙二醛－DMSO的凝膠比含有甲醛的凝膠更難于進行電泳， 因為前者泳動速率較慢而且需將電泳液時行循環(huán)以避免電泳過程中形成過高的H＋梯度。盡管上述兩種凝膠具有近乎相等的分辨率（Miller，1987），但用含朋乙二醛－DMSO的凝膠對RNA進行分級離，通常Northern雜交所顯示的RNA條帶更為銳利。
1）在滅菌的微理離心管內(nèi)，混勻下列液體：
6mol/L乙二醛 5.4μl
DMSO 16.0μl
0.1mol/L磷酸(pH7.0) 3.0μl
RNA（多達10μl） 5.4μl市售乙二醛通常為40％溶液（6mol/L）。 由于接觸空氣的后乙二醛易于氧化，所以使用前需通過混合床樹脂（Bio-Rad AG 501-X8 對乙三醛溶液進行去離子處理，直至溶液pH值大于5.0為止，然后可分裝在小份， 用蓋緊的小管貯存于－20℃。每小份乙二醛溶液只用1次，剩余液體應予丟棄。0.1mol/L磷酸鈉（pH7. 0）的配法如下：將3.9ml 1mol/L磷酸二氫鈉、6.1ml 1mol/L磷酸氫二鈉和90ml 水混合，用DEPC處理上述溶液后高壓滅菌。每一泳道至多可分析10μg RNA，通常用10- 20 μg 細胞總RNA進行Northern雜交，可以檢測高豐度mRNA（占mRNA總量的0.1％以上），如等測RNA含量極微，每個泳道應加0.5-3.0μg poly(A)+RNA。
2）將微量離心管蓋嚴，將RNA溶液置于％0℃溫育50℃溫育60分鐘后， 用冰水浴冷卻樣品，離心5秒鐘，使管內(nèi)所有液體沉降至管底。
3）于50℃溫育RNA溶液的同時，灌制瓊脂糖水平凝膠，用1.4 ％瓊脂糖分析1kb 以下的RNA樣品， 而用1％瓊脂糖分析1kb 以上的RNA樣品。 用0mmol/L 磷酸鈉（pH7. 0 ）后， 降溫至70 ℃， 加入碘乙酸鈉固體至終濃度為10mmol/L（使RNA酶失活），再降溫至50℃，制膠，加入RNA樣品前一至少放置30分鐘使其凝固。用于RNA電泳的電泳槽需用去污劑溶液洗凈，用水沖洗，用乙醇干燥，然后灌滿3％H2O2，于室溫放置10分鐘后，用經(jīng)DEPC處理的水徹底沖洗電泳槽。因乙二醛可與溴化乙錠發(fā)生化學反應，所以制膠和電泳過程中誚避免作用溴化乙錠。
4）將RNA樣品冷卻至0℃，加入4μl 滅菌的并經(jīng)用DEPC處理的戊二醛－DMSO凝膠中樣緩沖液，隨后立即將上述樣品加至凝膠加樣孔。用已知大小的乙醛酰RNA作為分子量標準參照物，如用18S和28S rRNA或或9S兔β－珠蛋白mRNA，上述RNA長度分別為6322、2366和710個堿基。也可以從BRL購置已知大小的RNA混合物作為分子量標準照物。通常分子量標準參照物的泳道位于凝膠邊緣，便于電泳后將其切去進行溴化乙錠染色，可能的話應在分子量標準參照物以及欲轉(zhuǎn)移至硝酸纖維素濾膜或尼龍膜的樣品之間留空一個泳道。
乙二醛－DMSO凝膠加樣緩沖液
50％甘油
10mmol/L磷酸鈉（pH7.0）
0.25％溴酚藍
0.25％二甲苯青FF
5）將凝膠浸入10mmol/L磷酸鈉電泳液中，以3－4V/cm電壓降進行電泳，同時按圖7.1對磷酸鈉容液時行持續(xù)再循環(huán)，使溶液pH值維持在可被接受的限度 內(nèi)（pH>8.0時乙二醛將從PNA分子上解離）。另一方法為電泳時每30分鐘換一次磷酸鈉緩沖液。
6）電泳結(jié)束后（溴酚藍遷移出區(qū)8cm），切下分子量標準參照物的凝膠條，浸入溴化憶錠溶液（0.5μg/ml，
用0.1mol/L乙酸銨配制）中染色30-45分鐘。在凝膠放置一透明遲，在紫外燈下照片上每個RNA條帶至加樣孔的距離，以RPN片段大小的lg對數(shù)值對RNA條帶的遷移距離作圖，用所得曲線計算從凝膠移到固相支持體后通過雜交檢出的RNA分子的大小。
7）RNA從凝膠轉(zhuǎn)移至硝酸纖維素濾膜，將RNA轉(zhuǎn)移至尼龍膜。