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在HACCP的七個(gè)基本原理中，原理一就是"危害分析和預(yù)防措施"。在HACCP中，"危害"指的是食物中可能引起疾病或傷害的情況或污染。這些危害主要分為三大類即：生物的危害、化學(xué)的危害和物理的危害。而在食品中發(fā)現(xiàn)的令人厭惡的昆蟲、毛發(fā)、臟物或腐敗等，因?yàn)樗鼈兘?jīng)常不是直接的與產(chǎn)品的安全有關(guān)，除非這些條件直接影響到食品的安全，否則，它們不在HACCP計(jì)劃的控制范圍之內(nèi)。它們將由良好操作規(guī)范（GMP）和衛(wèi)生標(biāo)準(zhǔn)操作程序（SSOP）來(lái)控制，也就是說(shuō)HACCP不是一個(gè)孤立的系統(tǒng)，而是建立在GMP和SSOP基礎(chǔ)之上的。
在影響食品安全的三大類危害中，生物的危害占80%~90%。生物的危害包括有害的細(xì)菌、病毒和寄生蟲。食品中的生物危害既有可能來(lái)自于原料，也有可能來(lái)自于食品的加工過(guò)程。食品中重要的微生物種類包括：酵母、霉菌、細(xì)菌、病毒和原生動(dòng)物。酵母、霉菌一般不引起食品中的生物危害（雖然某些霉菌產(chǎn)生有害的毒素，毒素屬化學(xué)危害），只有細(xì)菌、病毒和原生動(dòng)物能引起食品的生物危害，使食品不安全�；瘜W(xué)危害有三類。一類是天然的化學(xué)物質(zhì)，如霉菌毒素、組胺、魚肉毒素和貝類毒素等，它們主要存在于植物、動(dòng)物和微生物中。二是有意添加的化學(xué)藥品--食品添加劑，如防腐劑、營(yíng)養(yǎng)添加劑和色素添加劑等。第三類化學(xué)危害是無(wú)意地或偶然加入的化合物。如農(nóng)用殺蟲劑、除草劑、抗菌素和生長(zhǎng)激素等的殘留、有毒元素超標(biāo)、消毒劑和清潔劑等污染食品都有可能造成化學(xué)危害。化學(xué)污染可以發(fā)生在食品生產(chǎn)和加工的任何階段。要消除這種危害，必須從種養(yǎng)殖的源頭抓起，否則，危害一但進(jìn)入食品，就很難再將其消除。物理的危害包括任何在食品中發(fā)現(xiàn)的不正常的潛在的有害的外來(lái)物，如玻璃、金屬等，這類危害是最常見的消費(fèi)者投訴的問(wèn)題。
在影響食品安全的三大類危害中，生物的危害占80%~90%。生物的危害包括有害的細(xì)菌、病毒和寄生蟲。食品中的生物危害既有可能來(lái)自于原料，也有可能來(lái)自于食品的加工過(guò)程。食品中重要的微生物種類包括：酵母、霉菌、細(xì)菌、病毒和原生動(dòng)物。酵母、霉菌一般不引起食品中的生物危害（雖然某些霉菌產(chǎn)生有害的毒素，毒素屬化學(xué)危害），只有細(xì)菌、病毒和原生動(dòng)物能引起食品的生物危害，使食品不安全�；瘜W(xué)危害有三類。一類是天然的化學(xué)物質(zhì)，如霉菌毒素、組胺、魚肉毒素和貝類毒素等，它們主要存在于植物、動(dòng)物和微生物中。二是有意添加的化學(xué)藥品--食品添加劑，如防腐劑、營(yíng)養(yǎng)添加劑和色素添加劑等。第三類化學(xué)危害是無(wú)意地或偶然加入的化合物。如農(nóng)用殺蟲劑、除草劑、抗菌素和生長(zhǎng)激素等的殘留、有毒元素超標(biāo)、消毒劑和清潔劑等污染食品都有可能造成化學(xué)危害。化學(xué)污染可以發(fā)生在食品生產(chǎn)和加工的任何階段。要消除這種危害，必須從種養(yǎng)殖的源頭抓起，否則，危害一但進(jìn)入食品，就很難再將其消除。物理的危害包括任何在食品中發(fā)現(xiàn)的不正常的潛在的有害的外來(lái)物，如玻璃、金屬等，這類危害是最常見的消費(fèi)者投訴的問(wèn)題。
對(duì)影響食品安全的任何危害，在HACCP計(jì)劃中都要采取相應(yīng)措施，將其消除或降低到可接受水平。由于危害的種類很多，且危害的種類是隨時(shí)隨地不斷發(fā)展變化的，食品加工者應(yīng)通過(guò)各種媒體，獲得食品潛在危害的有關(guān)知識(shí)，以確保食品安全。
