（1）復(fù)性效率低。傳統(tǒng)的復(fù)性方法稀釋法和透析法。稀釋復(fù)性法對(duì)樣品幾十倍，甚至上百倍的稀釋會(huì)使樣品的體積急劇增大，給后續(xù)的分離純化帶來很大的困難，而且復(fù)性過程中需要較大的復(fù)性容器。透析法耗時(shí)較長，而且要多次更換透析溶液。這兩種方法的共同缺點(diǎn)是蛋白質(zhì)在復(fù)性過程中會(huì)發(fā)生聚集而產(chǎn)生大量沉淀，復(fù)性效率低，通常蛋白質(zhì)的活性回收率只有5~20%，而且復(fù)性后的蛋白質(zhì)溶液中含有大量的雜蛋白，需要進(jìn)行進(jìn)一步的分離純化。
（2）工藝路線煩瑣，生產(chǎn)周期長。在傳統(tǒng)的重組蛋白質(zhì)分離純化工藝中，大多采用經(jīng)典的軟凝膠分離介質(zhì)，由于這種介質(zhì)的顆粒較大，分離效率較差，因此常常需要采用多種不同模式的色譜操作聯(lián)用對(duì)目標(biāo)蛋白質(zhì)進(jìn)行純化，才能得到純度符合一定標(biāo)準(zhǔn)的目標(biāo)蛋白質(zhì)。另外，這種色譜介質(zhì)的耐壓性很差，只能在流速較低的情況下進(jìn)行操作，分離純化時(shí)間較長。分離純化步驟多和分離時(shí)間長使得蛋白質(zhì)的質(zhì)量回收率和活性回收率很低。而且在傳統(tǒng)的重組蛋白質(zhì)生產(chǎn)工藝中，蛋白質(zhì)的復(fù)性和純化是生產(chǎn)過程中兩個(gè)獨(dú)立的單元操作，也在很大程度上制約著生產(chǎn)效率。
（3）生產(chǎn)成本高，設(shè)備投資大。由于復(fù)性和分離純化分別單獨(dú)進(jìn)行，而且分離純化步驟多，每一步都需要有與之配套的設(shè)備，致使設(shè)備投資大，生產(chǎn)成本高。隨著生產(chǎn)規(guī)模的增加，這種弊端會(huì)愈來愈嚴(yán)重。