（一）菌種的鑒定
菌種的質(zhì)量，對(duì)食用菌的產(chǎn)量和質(zhì)量影響極大。因此，在培育菌種時(shí)，要認(rèn)真對(duì)待，嚴(yán)格把關(guān)，選用優(yōu)良菌株，逐級(jí)擴(kuò)大。在投入生產(chǎn)之前，必須進(jìn)行菌種質(zhì)量的鑒定，并通過小面積的栽培試驗(yàn)，證實(shí)是優(yōu)良菌種后，再推廣使用。常用鑒別菌種質(zhì)量的方法，有以下幾種：
1.感官鑒別法 主要是通過肉眼觀察菌絲的生長(zhǎng)情況和用鼻聞菌種的氣味等方式來鑒別菌種。一般優(yōu)良的菌種應(yīng)具有種性純，菌絲健壯，分枝濃密，生長(zhǎng)整齊，無雜菌或老化現(xiàn)象，同時(shí)各具有該食用菌的香氣。但由于食用菌的種類和特性不同，對(duì)菌種質(zhì)量的要求也不一樣。
蘑菇的母種，要求菌絲灰白色，氣生菌絲少，貼生菌絲成細(xì)線狀分布，沒有黃白色菌被。原種和栽培種以菌絲生長(zhǎng)強(qiáng)壯，灰白色，培養(yǎng)料變黃褐色，拔開瓶塞有蘑菇香氣的，為良好的菌種。如菌種收縮離開瓶壁，菌索過多，甚至出現(xiàn)黃褐色水分，則為放置時(shí)間過長(zhǎng)，生活力差的菌種，不宜采用。
香菇的母種，要求菌絲潔白，是綿毛狀，生長(zhǎng)快，分布均勻，無雜菌污染。原種和栽培種的菌絲體，如呈白色、健壯、富有彈性，種木仍保持硬實(shí)的，則為生活力強(qiáng)的菌種。如有子實(shí)體原基或茶褐色菌被出現(xiàn)，一般除去菌被，仍可應(yīng)用于生產(chǎn)。如菌種收縮過多，過于干燥或菌絲體自溶產(chǎn)生大量紅褐色水分，表明放置時(shí)間過長(zhǎng)，生活力衰退，不宜采用。
銀耳的母種要求純白的銀耳菌絲和羽毛狀菌絲比例恰當(dāng)，分布均勻，表面有煙灰色斑紋。用作代料栽培的原種，要求銀耳菌絲菌齡較大的，白毛團(tuán)出現(xiàn)早，色白而結(jié)實(shí)，吃料不深，就很快吐淡黃色液滴，并迅速膠質(zhì)化。羽毛狀菌絲吃料達(dá)1/2～2/3瓶時(shí)，耳基開始增大，甚至開片。如用作段木栽培 的原種或栽培種則以銀耳菌絲菌齡較小，白毛團(tuán)大，吃料深，膠質(zhì)化遲的為較適合。
黑木耳的母種要求絨毛狀菌絲潔白，粗壯，無雜菌感染。原種和栽培種培養(yǎng)時(shí)間在三個(gè)月之內(nèi)，菌種與瓶壁緊貼，瓶?jī)?nèi)壁附有少量白色水珠的為新鮮菌種。木屑菌種，上下內(nèi)外一致，已看不到木屑，瓶壁或表面有淺褐色膠質(zhì)物或耳芽。種木菌種，菌絲已深入到底層木塊和枝條內(nèi)部，拔去棉塞，可聞到菌種的清香氣，而無霉、臭氣者，均為正常的菌種。
草菇的母種要求菌絲密集，整齊、灰白色、透明狀，有大量或少量紅褐色厚垣孢子堆。原種和栽培種全瓶長(zhǎng)滿白色透明，或淡黃白色透明的菌絲，分布均勻，有大量或無厚垣孢子，無雜菌感染，培養(yǎng)和保存時(shí)間在3個(gè)月之內(nèi)的為優(yōu)良的菌種。
猴頭菌種，菌絲濃密粗壯，顏色潔白。上下均勻，瓶面開始出現(xiàn)子實(shí)體的，均為生長(zhǎng)旺盛的標(biāo)志。
2.分塊法 把菌種從培養(yǎng)瓶中挖出一大塊，按等分扒成兩塊、四塊、八塊，凡整塊多、碎屑少、菌絲布滿斷面或深入種木菌種的木塊或枝條內(nèi)部，為優(yōu)良菌種。
3.液體培養(yǎng)法 用2％的糖液100毫升，裝入三角瓶中，按常規(guī)方法滅菌后，移入黃豆粒大小菌種一塊，于25～28℃下培養(yǎng)一周，凡菌種塊四周菌絲生長(zhǎng)快，濃密潔白，是棉絮狀，說明菌種生活力旺盛，若菌塊下沉，菌膜很薄，則生活力差。
4.栽培試驗(yàn) 為鑒別菌種的生產(chǎn)性能是否優(yōu)良；則要用瓶栽或盤栽，以便觀察子實(shí)體發(fā)生快慢、多少、朵大小、產(chǎn)量高低以及環(huán)境的適應(yīng)性和抗病抗蟲能力的強(qiáng)弱等。
（二）菌種的保存
無論是母種、原種或栽培種，如果未及時(shí)使用，其菌絲就會(huì)很快衰老，降低生產(chǎn)力，影響產(chǎn)量和質(zhì)量。因此，菌種必須進(jìn)行適當(dāng)?shù)谋４妗Ｆ淠康氖潜３志N的生活力，降低死亡速度，保持菌種原有的優(yōu)良性狀，防止退化，確保菌種純一，防止雜菌感染。
菌種保存的基本原理，主要是通過采用低溫、干燥與缺氧的條件，以中止菌種的繁殖，降低其新陳代謝，使之處于休眠狀態(tài)。菌種保存的方法很多，常用的為斜面低溫保存法，液體石蠟保存法等。有條件的還可采用冷凍真空干燥保存法。
1.斜面低溫保存法 這是最簡(jiǎn)便最普通的保存方法。即將菌絲生長(zhǎng)良好的斜面菌種，置于冰箱內(nèi)；在4℃左右低溫下保存；以后每隔2～3個(gè)月轉(zhuǎn)管移接一次。這種保存方法適于大多數(shù)食用菌菌種。但草菇菌種在5℃以下很快死亡；所以草菇的菌種，不斷放在冰箱中，置于室溫保存即可，每隔2～3個(gè)月，也須重新移接一次，防止菌種老化。為防止菌種在保存過程中積累過多的酸，在配制保存母種培養(yǎng)基時(shí)添加0.2％磷酸二氫鉀或0.02％碳酸鈣等鹽類，對(duì)培養(yǎng)其PH值的變化能起緩沖作用。
為了延長(zhǎng)保存時(shí)間，試管口處要用塑料薄膜包扎，以防培養(yǎng)基干固。在農(nóng)村沒有冰箱設(shè)備的，可把母種試管，用石蠟封口，再用塑料薄膜包封，沉放于清涼的井底保存。
2.液體石蠟保存法 食用菌的菌絲體都可用此法保存，方法簡(jiǎn)單，只在斜面菌種試管內(nèi)，注入一層已滅過菌的液體石蠟，注入量以高出斜面1厘米為宜，使菌種與空氣隔絕，降低其新陳代謝的活動(dòng)，然后在棉塞外包以塑料薄膜，直立存放于室內(nèi)干燥處或低溫下保存，一般可保存一年以上。液體石蠟使用前，要在且公斤/厘米2的壓力下維持1小時(shí)，連續(xù)滅菌兩次。徹底滅菌后方可使用。滅菌后的液體石蠟，由于有水蒸氣滲入，會(huì)影響菌種保存質(zhì)量，因此，需要放在44℃烘箱中，烘烤數(shù)小時(shí)，使水蒸氣蒸發(fā)。在室溫下也可以，不過所需的時(shí)間要長(zhǎng)些。
使用液體石蠟菌種時(shí)，只要用接種計(jì)從斜面上挑取少許菌體，放在新鮮的培養(yǎng)基上；經(jīng)過培養(yǎng)，即可應(yīng)用。原種則重新蠟封，繼續(xù)保存。
3.木屑試管菌種保存法 用雜木屑按原種的培養(yǎng)基配制裝入大號(hào)試管，容量為管高的三分之二，擦凈管口塞緊棉塞，用牛皮紙包扎管口后高壓滅菌，然后移入母種，在25～28℃下培養(yǎng)，待長(zhǎng)滿菌絲后，立即移到低溫干燥環(huán)境保存、或埋于尿素、硝酸銨或地洞中保存，效果更好，并能延長(zhǎng)保存時(shí)間。
原種和栽培種培養(yǎng)好后，應(yīng)立即用于擴(kuò)接栽培種或栽培生產(chǎn)，不宜保存過久，時(shí)間越長(zhǎng)，生活力越差，也越容易感染雜菌。若因特殊情況不能及時(shí)使用，原種瓶口用牛皮紙包好，置4～14℃條件下可保藏一年左右。栽培種短期保存也可放于陰涼、干