一、基因芯片
1、基因芯片綜合分析軟件。
ArrayVision 7.0 一種功能強(qiáng)大的商業(yè)版基因芯片分析軟件，不僅可以進(jìn)行圖像分析，還可以進(jìn)行數(shù)據(jù)處理，方便protocol的管理功能強(qiáng)大，商業(yè)版正式版：6900美元。
Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的產(chǎn)品，該公司的gelpro, imagepro一直以精確成為同類產(chǎn)品中的佼佼者，相信arraypro也不會差。
phoretix™ Array Nonlinear Dynamics公司的基因片綜合分析軟件。
J-express 挪威Bergen大學(xué)編寫，是一個用JAVA語言寫的應(yīng)用程序，界面清晰漂亮，用來分析微矩陣（microarray）實驗獲得的基因表達(dá)數(shù)據(jù)，需要下載安裝JAVA運(yùn)行環(huán)境JRE1.2后(5.1M)后，才能運(yùn)行。
2、 基因芯片閱讀圖像分析軟件
ScanAlyze 2.44 ，斯坦福的基因芯片基因芯片閱讀軟件，進(jìn)行微矩陣熒光圖像分析，包括半自動定義格柵與像素點分析。輸出為分隔的文本格式，可很容易地轉(zhuǎn)化為任何數(shù)據(jù)庫。
3、 基因芯片數(shù)據(jù)分析軟件
Cluster 斯坦福的對大量微矩陣數(shù)據(jù)組進(jìn)行各種簇（Cluster）分析與其它各種處理的軟件。
SAM Significance Analysis of Microarrays 的縮寫，微矩陣顯著性分析軟件，EXCEL軟件的插件，由Stanford大學(xué)編制。
4．基因芯片聚類圖形顯示
TreeView 1.5 斯坦福開發(fā)的用來顯示Cluster軟件分析的圖形化結(jié)果�，F(xiàn)已和Cluster成為了基因芯片處理的標(biāo)準(zhǔn)軟件。
FreeView 是基于JAVA語言的系統(tǒng)樹生成軟件，接收Cluster生成的數(shù)據(jù)，比Treeview增強(qiáng)了某些功能。
5．基因芯片引物設(shè)計
Array Designer 2.00 DNA微矩陣（microarray）軟件，批量設(shè)計DNA和寡核苷酸引物工具
二、RNA二級結(jié)構(gòu)
RNA Structure 3.5 RNA Sturcture 根據(jù)最小自由能原理，將Zuker的根據(jù)RNA一級序列預(yù)測RNA二級結(jié)構(gòu)的算法在軟件上實現(xiàn)。預(yù)測所用的熱力學(xué)數(shù)據(jù)是最近由Turner實驗室獲得。提供了一些模塊以擴(kuò)展Zuker算法的能力，使之為一個界面友好的RNA折疊程序。允許你同時打開多個數(shù)據(jù)處理窗口。主窗口的工具條提供一些基本功能：打開文件、導(dǎo)入文件、關(guān)閉文件、設(shè)置程序參數(shù)、重排窗口、以及即時幫助和退出程序。RNAdraw中一個非常非常重要的特征是鼠標(biāo)右鍵菜單打開的菜單顯示對鼠標(biāo)當(dāng)前所指向的對象/窗口可以使用的功能列表。RNA文庫（RNA Library）用一種容易操作的方式來組織你所有的RNA數(shù)據(jù)文件。 基本配置：Windows95,Windows98或WindowsNT。Pentium以上芯片，32兆內(nèi)存。
RNAdraw 是一個進(jìn)行RNA二級結(jié)構(gòu)計算的軟件。 1. 它 是Windows下的多文檔窗口 (multipledocument interface) 軟件，允許你同時打開多個數(shù)據(jù)處理窗口。主窗口的工具條提供一些基本功能：打開文件、導(dǎo)入文件、關(guān)閉文件、設(shè)置程序參數(shù)、重排窗口、以及即時幫助和退出程序。2. RNAdraw中一個非常非常重要的特征是鼠標(biāo)右鍵菜單打開的菜單顯示對鼠標(biāo)當(dāng)前所指向的對象/窗口可以使用的功能列表。3. RNA文庫（RNA Library）用一種容易操作的方式來組織你所有的RNA數(shù)據(jù)文件。
loopDloop 2.07b Java語言寫成的繪制RNA二級結(jié)構(gòu)的軟件，需要安裝JAVA虛擬機(jī)。
Circles 0.1.0 Java語言寫成的繪制RNA二級結(jié)構(gòu)的軟件，需要安裝JAVA虛擬機(jī)。
三、序列綜合分析
Vector NTI Suite 8.0 不喜歡裝備各種專業(yè)性強(qiáng)的軟件，而希望用一個綜合性的軟件代替的同志可以選擇本軟件。本階段的大部分功能它都有。該軟件具體特有良好的數(shù)據(jù)庫管理（增加、修改、查找），對要操作的數(shù)據(jù)放在一個界面相同的數(shù)據(jù)庫中統(tǒng)一管理。軟件中的大部分分析可以通過在數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行選定（數(shù)據(jù)）->分析->結(jié)果（顯示、保存和入庫）三步完成。在分析主界面，軟件可以對核酸蛋白分子進(jìn)行限制酶分析、結(jié)構(gòu)域查找等多種分析和操作，生成重組分子策略和實驗方法，進(jìn)行限制酶片段的虛擬電泳，新建輸入各種格式的分子數(shù)據(jù)、加以注釋，輸出高質(zhì)量的圖像。Vector NTI Suite還有以下獨(dú)立的分析程序，完成相關(guān)分析。這些獨(dú)立的程序，可以通過選定->分析->結(jié)果三步調(diào)用。
l 3DMol－顯示PDB格式分子的三維結(jié)構(gòu)
l Align X－序列相似性比較
l Align Xblocks－序列局部完全相同比較
l ContigExpress－將小片段拼裝成長序列
l GCGConverter－GCG格式文件轉(zhuǎn)換成NTI的格式
l PubMed/Entrez Search－搜索PubMed、PDB、GenBank
l Back Translation－核酸->蛋白->核酸反向翻譯的工具
l Matrix Editor－矩陣數(shù)據(jù)編輯
l Tools Manager－連接其他程序和網(wǎng)絡(luò)連接的界面。分成Align、Analyze、Assemble、Tools四部分。
DNAStar5.03 即著名的Lasergene Suite，由EditSeq MegAlign、GeneQuest MapDraw PrimerSelect Protean SeqMan II七個模塊組成，該軟件的MegAlign模塊，可以對多達(dá)64000的片段進(jìn)行拼裝。整個拼裝過程即時顯示，并提示可能的完成時間。拼裝結(jié)果采用序列、策略等方式顯示。DNAstar是哈佛大學(xué)醫(yī)學(xué)院是使用的序列分析軟件，可見其功能強(qiáng)大。
Omiga 2.0實際上，大部分對核酸蛋白的序列分析功能，在Omiga 2.0中都能找到；而且界面非常友好。Omiga作為強(qiáng)大的蛋白質(zhì)、核酸分析軟件，它還兼有引物設(shè)計的功能。主要功能：編輯、瀏覽、蛋白質(zhì)或核酸序列，分析序列組成。用Clustal. W進(jìn)行同源序列比較，發(fā)現(xiàn)同源區(qū)。實現(xiàn)了核酸序列與其互補(bǔ)鏈之間的轉(zhuǎn)化，序列的拷貝、刪除、粘貼、置換以及轉(zhuǎn)化為RNA鏈，以不同的讀碼框、遺傳密碼標(biāo)準(zhǔn)翻譯成蛋白質(zhì)序列。查找核酸限制性酶切位點、基元（Motif）及開放閱讀框（ORF），設(shè)計并評估PCR、測序引物。查找蛋白質(zhì)解蛋白位點（Proteolytic Sites）、基元、二級結(jié)構(gòu)等。查尋結(jié)果可以以圖譜及表格的顯示，表格設(shè)有多種分類顯示形式。利用Mange快捷鍵，用戶可以向限制性內(nèi)切酶、蛋白質(zhì)或核酸基元、開放閱讀框及蛋白位點等數(shù)據(jù)庫中添加或移去某些信息。每一數(shù)據(jù)庫中都設(shè)有多種查尋參數(shù)，可供選擇使用。用戶也可以添加、編輯或自定義某些查尋參數(shù)。可從MacVectorTM、Wisconsin PackageTM等數(shù)據(jù)庫中輸入或輸出序列。另外，該軟件還提供了一個很有特色的類似于核酸限制酶分析的蛋白分析，對蛋白進(jìn)行有關(guān)的多肽酶處理后產(chǎn)生多肽片段。
DS gene : Omiga 2.0的換代產(chǎn)品，accelrys公司Discovery studio系列，accelrys公司的insight II,GCG是業(yè)內(nèi)蛋白分析和核酸分析的權(quán)威軟件，DS gene 是GCG的個人機(jī)簡版，功能強(qiáng)大，而且可以直接與GCG服務(wù)器相連。由于受到vector NTI的界面影響，DS gene 與Omiga 2.0相比界面有了很大的改變。
DNASIS for Windows 2.5版是日立軟件公司（Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd.）97年推出的一個功能強(qiáng)大的序列分析軟件。包含有大部分分子生物學(xué)軟件的常用功能，可進(jìn)行DNA，RNA，蛋白質(zhì)序列的編輯和分析，甚至還能進(jìn)行質(zhì)粒作圖、數(shù)據(jù)庫查詢等功能，足可滿足一般實驗室的要求。在DOS時代，DNASIS 7等版本便是流傳甚廣并曾給過許多人以幫助的分子生物學(xué)軟件，因此我們有理由期待Win版的DNASIS 會帶給我們驚喜。 DNASIS MAX 1.0 DNASIS 2.5的更新?lián)Q代產(chǎn)品。綜合序列分析軟件，體積比上一個版本一下膨脹了許多。界面風(fēng)格也改變了很多。
DNATools 5.1 與Omiga, DNAsis, PCgene等軟件屬于同一類的綜合性軟件,操作簡單功能多。DNATools設(shè)計的用戶友好、強(qiáng)壯，以便快速、方便地獲取、貯藏和分析序列及數(shù)據(jù)庫查詢獲得的序列相關(guān)信息。DNATools包容性很好，能把幾乎所有文本文件打開作為序列。當(dāng)程序不能辨別序列的格式時（通過尋找常用序列格式的特征），會顯示這個文件的文本形式，以便你編輯生成正確的蛋白質(zhì)或DNA序列，編輯后可以再被載入程序。若你的序列是DNATools格式時（DNA或寡核苷酸序列），程序不加注解的載入序列，程序模式調(diào)整成可以接受載入的數(shù)據(jù)類型（蛋白質(zhì)、DNA和寡核苷酸引物序列）。在一個項目中可以加入幾千個序列或引物，并在整個項目中分析這些序列及標(biāo)題。這個程序的一個特點是給每個序列或引物添加文本標(biāo)題。這樣就可以用自定義的標(biāo)題識別序列，而不必通過它們的文件名。
Bioedit一個具有序列簡單分析和序列對比功能的軟件。該軟件有一個簡單親切的界面，集成其他已經(jīng)很有效果的序列比對軟件。另外該軟件還有很多有用的相關(guān)站點連接。雖然該軟件看起來結(jié)構(gòu)簡單，但卻又很強(qiáng)的可充性，可以自由整合許多軟件，例如viewtree.
Jellyfish 2.1 只水母不簡單，可以用來進(jìn)行DNA翻譯，序列排隊比較，限制酶消化，提交序列進(jìn)行BLAST，研究項目管理等。操作十分簡單，只需拖動與點擊便可。
Genetools Genebio公司的核酸序列分析軟件，雖然不及vect NTI 和DS gene 強(qiáng)大，它具有repeat /vect find 使其他分析軟件所不具有的，值得一提的是該軟件具有的CpG island分析。
DNAMAN 限制酶分析，引物設(shè)計，對排（aligment）,翻譯，數(shù)據(jù)庫操作，Blast，序列裝配（Sequence assembly）.易學(xué)易用，操作方便。
四、限制酶切位點分析
DNAssist2.0 大多軟件只對線性序列進(jìn)行分析，那么cNNNNN…NNNgaatt環(huán)狀的序列就找不到EcoR I的位點。DNAssist 1.0能很容易把這個EcoR I位點找出來。另外DNAssist在輸出上非常完美，除了圖形、線性顯示外，還有類似DNASIS的列表方式，列出有的位點（按酶排列，按堿基順序排列）。
五、質(zhì)粒繪圖
Gene Construction Kit 2.0 這一個非常好的質(zhì)粒構(gòu)建軟件包。與大多數(shù)分析的軟件不同，它制作并顯示克隆策略中的分子構(gòu)建過程；包括質(zhì)粒構(gòu)建，模擬電泳條帶；當(dāng)然還可以質(zhì)粒作圖（有無序列均可）。通過它繪出來的圖還可以繼續(xù)用來構(gòu)建克隆策略圖譜。只是該軟件由于功能太強(qiáng)，使用起來也不簡單；幸虧它附有詳細(xì)的使用幫助，認(rèn)真研究后，應(yīng)該沒有問題。
Winplas 2.6 該軟件用來繪制發(fā)表質(zhì)量的質(zhì)粒圖，可廣泛應(yīng)用與論文、教材的質(zhì)粒插圖。其特性包括：1.知道序列或不知序列結(jié)構(gòu)均能繪制質(zhì)粒圖；2. 可讀入各種流行序列格式文件引入序列信息；3. 自動識別限制位點 可構(gòu)建序列結(jié)構(gòu)，功能包括：從文件插入序列、置換序列、序列編輯、部分序列刪除等；4. 繪圖功能強(qiáng)大，功能包括：位點標(biāo)簽說明、任意位置文字插入、生成彩圖、線性或環(huán)形序列繪制、可輸出到剪貼板、可輸出到圖像文件；5. 限制酶消化分析報告輸出與序列輸入報告功能。
Plasmid Premier2.02 是由加拿大的Premier Biosoft公司推出的用于質(zhì)粒作圖的專業(yè)軟件，主要用于進(jìn)行質(zhì)粒作圖，質(zhì)粒特征分析和質(zhì)粒設(shè)計。其主要界面分為序列編輯窗口（Genetank），質(zhì)粒作圖窗口（Plasmid Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和紋基分析窗口（Motif）。打開程序就可進(jìn)入序列編輯窗口，可以直接打開Genbank或Vector數(shù)據(jù)庫中已知質(zhì)粒的序列文件，將序列讀入，并將有關(guān)于質(zhì)粒的各種特征，包括編碼區(qū)，啟動子，多克隆位點以及參考文獻(xiàn)等信息保存在Header中；也可以直接輸入序列進(jìn)行未知質(zhì)粒的設(shè)計。
Redasoft Visual Cloning 2000 用來幫助生命科學(xué)家快速而輕松地繪制專業(yè)級質(zhì)量的質(zhì)粒載體圖， 主要的性能包括：快速和輕松地生成一個清晰，色彩鮮明的環(huán)行或線性的載體圖。自動識別和解析序列文件。新增的web瀏覽功能允許你鏈接到數(shù)據(jù)庫站點，并支持下載和自動將序列文件轉(zhuǎn)換成載體圖。強(qiáng)大的限制性內(nèi)切酶分析功能和擁有將近1000種來自REBASE的限制性內(nèi)切酶。片段的刪除和插入完全模擬克隆實驗并和其他圖形兼容。所看即所得 (What You See Is What You Get)的編輯環(huán)境使得你的打印結(jié)果和你在屏幕上看到的保持一致。自動標(biāo)記各種區(qū)段的堿基位置以避免重疊�？蛇x擇的圖形比例尺使幾個構(gòu)造圖間很容易比較。允許質(zhì)粒圖拷貝到剪貼板并粘貼到其他Windows應(yīng)用程序�？梢杂胑-mail的方式傳遞載體圖。
SimVector 質(zhì)粒圖繪制軟件，繪制發(fā)表質(zhì)量的質(zhì)粒圖與序列、載體圖。
Clone Manager 小巧的研究人員日常使用的輔助克隆工具，主要功能是限制酶切割、分子重組、質(zhì)粒作圖等。
六、引物分析
Primer Premier 5.0 顧名思義，該軟件就是用來進(jìn)行引物設(shè)計的�？梢院唵蔚赝ㄟ^手動拖動鼠標(biāo)以擴(kuò)增出相應(yīng)片段所需的引物，而在手動的任何時候，下面顯示各種參數(shù)的改變和可能的二聚體、異二聚體、發(fā)夾結(jié)構(gòu)等。也可以給定條件，讓軟件自動搜索引物，并將引物分析結(jié)果顯示出來。而且進(jìn)行這些操作非常簡單
Oligo 6.57 引物分析著名軟件，主要應(yīng)用于核酸序列引物分析設(shè)計軟件，同時計算核酸序列的雜交溫度（Tm）和理論預(yù)測序列二級結(jié)構(gòu)。
Primer D'Signer 1.1 免費(fèi)的引物設(shè)計輔助軟件，專門用于pASK-IBA和pPR-IBA表達(dá)載體，簡化引物設(shè)計工作。
Array Designer 2.00 DNA微矩陣（microarray）軟件，批量設(shè)計DNA和寡核苷酸引物工具
Beacon Designer 1.01 PCR定量分析分子信標(biāo)(Molecular beacon )設(shè)計軟件
NetPrimer 于WEB界面的引物設(shè)計程序，1.8M，包括JAVA程序和幫助文件，解壓后，可在本地直接使用，不須再連到原始網(wǎng)站使用。
七、蛋白二級結(jié)構(gòu)分析
ANTHEPROT 4.5 是位于法國的蛋白質(zhì)生物與化學(xué)研究院（Institute of Biology and Chemistry of Proteins）用十多年時間開發(fā)出的蛋白質(zhì)研究軟件包。軟件包包括了蛋白質(zhì)研究領(lǐng)域所包括的大多數(shù)內(nèi)容，功能非常強(qiáng)大。應(yīng)用此軟件包，使用個人電腦，便能進(jìn)行各種蛋白序列分析與特性預(yù)測。更重要的是該軟件能夠提供蛋白序列的一些二級結(jié)構(gòu)信息，使用戶有可能模擬出未知蛋白的高級結(jié)構(gòu)。
Peptool, 與genetool同出一家，可以進(jìn)行氨基酸序列的二級結(jié)構(gòu)預(yù)測，motif的尋找，酶切片斷的分析，以及轉(zhuǎn)錄后的甲基化分析。是為數(shù)不多的蛋白分析軟件。
VHMPT （Viewer and editor for Helical Membrane Protein Topologies）是螺旋狀膜蛋白拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)觀察與編輯軟件，可以自動生成帶有跨膜螺旋的蛋白的示意性2維拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)，并可對拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)進(jìn)行交互編輯。由**生物醫(yī)學(xué)科學(xué)研究所的黃明經(jīng)博士編制。安裝Tcl 8.0 (2.6M)方可運(yùn)行。
MACAW 序列構(gòu)建與分析工作臺軟件(Multiple Alignment Construction & Analysis Workbench, MACAW)是一個用來構(gòu)建與分析多序列片段的交互式軟件。MACAW具有幾個特點： 1. 新的搜索算法查尋類似區(qū)，消除了先前技術(shù)的許多限制。 2. 應(yīng)用一個最近發(fā)展的數(shù)學(xué)原理計算block類似性的統(tǒng)計學(xué)顯著性。 3. 使用各種視圖工具，可以評估一個候選block包含在一個多序列中的可能性。 4． 可以很容易地編輯每一個block。
八、凝膠分析軟件
BandScan 4.30 通用的電泳膠條帶定量分析軟件，手動、自動找到條帶，手動的條帶可以是無規(guī)則的，可以清除背景。進(jìn)行分子量、百分比、質(zhì)量、波峰等方面的定量分析。直接使用掃描儀。將數(shù)據(jù)輸出到excel文件。
band leader 3.0 小巧的凝膠圖像分析軟件。
TotalLab 2.0 是一個全智能化的凝膠分析軟件，對DNA、蛋白凝膠電泳圖像、arrays, dot blots與colonies等圖像可以進(jìn)行很方便的處理。功能齊全，很容易上手。
Quantityone ： bio-rad公司的1d凝膠分析軟件，但可配套各種產(chǎn)品，界面華麗，能夠生成報告，具有大公司的風(fēng)范。
QuantiScan 2.1 功能單一的1D凝膠分析軟件，但經(jīng)評測能夠及其準(zhǔn)確的測量出各個條帶的分子量。
Gel-Pro Analyzer Media Cybernetics公司的產(chǎn)品，一向以提供專業(yè)級的分析軟件而著稱。
SigmaGel 1.0 SPSS公司凝膠分析產(chǎn)品。
Melanie 3 Viewer Swiss Institute of Bioinformatics (SI用來查看使用Melanie3軟件獲得的凝膠圖片與相關(guān)數(shù)據(jù)，也包括一些有限的凝膠數(shù)據(jù)分析功能。
PDQuest 6.2.1 bio-rad公司一個分析2維凝膠并生成數(shù)據(jù)庫的標(biāo)準(zhǔn)軟件。使用它，可以同時分析100個凝膠圖像，生成包含1000個凝膠圖像的數(shù)據(jù)庫。
九、三維結(jié)構(gòu)顯示
RasMol 2.7 是計算化學(xué)與分子圖形學(xué)以及信息產(chǎn)業(yè)的同步高速發(fā)展的成果，使一個普通的科研工作人員，在自己的個人電腦上，就可以從Internet上的各種免費(fèi)數(shù)據(jù)庫中，下載所需觀察與研究的分子坐標(biāo)文件，進(jìn)而通過RasMol 2.7以各種模式、各種角度，甚至按照自己的意愿旋轉(zhuǎn)著，觀察此分子神秘的微觀三維立體結(jié)構(gòu)，進(jìn)而了解化合物分子結(jié)構(gòu)和各種微觀性質(zhì)與宏觀性質(zhì)之間的定量關(guān)系。RasMol 2.7的作者是Glaxo&Wellcome公司（世界第一大制藥公司）研發(fā)中心的科學(xué)家Roger Sayle。 RasMol 2.7最大的特點是界面簡單，基本操作簡單，運(yùn)行非常迅速，對機(jī)器的要求較低，對小的有機(jī)分子與大分子，如蛋白質(zhì)、DNA或RNA, 均能適用，且顯示模式非常豐富。而且它程序短小，功能強(qiáng)大。尚無在功能上出其右者。其顯示窗口可以很簡單通過選擇相應(yīng)的菜單來顯示分子的三維結(jié)構(gòu)。用命令行窗口，通過輸入命令可以執(zhí)行和顯示復(fù)雜和要求極高的三維圖形。
CHIME 2.6 IE與NetScape瀏覽器插件,安裝后,可以直接用瀏覽器觀看PDB格式的文件,直接在瀏覽器中觀看3D分子。
ICMLite 維分子瀏覽工具，是MolSoft公司出品的軟件ICM的簡化版,免費(fèi)推出， 但功能十分強(qiáng)大。可讀取PDB格式及其他數(shù)種格式的分子文件,易于操作,顯示的分子圖像我認(rèn)為優(yōu)于RasMol,值得一試。還可以進(jìn)行一些計算操作。
POV-Ray 3.5 是一個高質(zhì)量、完全免費(fèi)創(chuàng)造最棒三維圖像的非常有名的工具，用在分子生物學(xué)上，便是用它生成高質(zhì)量的三維大分子圖像。見過Science封面上漂亮極的分子圖像嗎？便是用它與以下軟件結(jié)合制作出來的。運(yùn)算POV格式文件，生成三維圖形，非常棒。該軟件相當(dāng)于一種語言，修改pov格式文件，可以定義光源、攝像機(jī)、材質(zhì)、陰影等因素，把生物分子的表面用材質(zhì)填充，根據(jù)光源、攝像機(jī)得到分子三維圖的一個角度的圖。分辨率最大可達(dá)1280*1024。圖象質(zhì)量精美。
DS viewer pro 5.0 Accerlys公司Discovery studio系列中的一員。
3D-mol viewer, 帶動windows系統(tǒng)下生物軟件革新的vector NTIsuite中的一員。
Cn3D 是由NCBI開發(fā)的用于觀看蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的軟件，其設(shè)計的主要目的是為NCBI在其站點中的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫MMDB提供專業(yè)的結(jié)構(gòu)觀察軟件，其主要的操作界面分為兩個窗口，如右圖所示，一個為結(jié)構(gòu)窗口，另一個為序列窗口。與其他的類似的軟件，如Rasmol，Weblabview等相比，其在結(jié)構(gòu)觀察方面主要功能上基本相似，但是圖形格式上比Rasmol和Weblabview要差一些。而在與網(wǎng)絡(luò)連接上，該軟件能依托NCBI所建立的所建立的MMDB結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫，能直接根據(jù)輸入的序列號從數(shù)據(jù)庫中利用其內(nèi)嵌的Entrez搜索引擎調(diào)出蛋白結(jié)構(gòu)來進(jìn)行觀察，比其他軟件要簡便。而Cn3D主要的特點是能夠?qū)蓚�蛋白放在一起直觀地進(jìn)行三維結(jié)構(gòu)上的比較，如下圖中是將兩種核酸外切酶的三維結(jié)構(gòu)通過VAST對準(zhǔn)得到的結(jié)構(gòu)比較圖：同樣，Cn3D在結(jié)構(gòu)比較方面也能利用其內(nèi)嵌的Blast搜索引擎直接訪問Genbank數(shù)據(jù)庫找到具有局部相似性的結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)，并在三維結(jié)構(gòu)圖中顯示出二者具有相似性的結(jié)構(gòu)區(qū)域。
Spdbv 即Swiss-PdbViewer， 是一個界面非常友好的應(yīng)用程序，使用起來比RASMOL方便，用來同時分析幾個蛋白PDB文件�？梢詫讉�蛋白疊加起來用來分析結(jié)構(gòu)類似性，比較活性位點或其它有關(guān)位點。通過菜單操作與直觀的圖形，可以很容易獲得氫鍵、角度、原子距離、氨基酸突變等數(shù)據(jù)。該軟件與Swiss-Model服務(wù)器（蛋白立體結(jié)構(gòu)構(gòu)建服務(wù)器）緊密關(guān)聯(lián)，可以從軟件直接連到Swiss-Model服務(wù)器進(jìn)行理論蛋白立體結(jié)構(gòu)構(gòu)建。而且，該軟件可以調(diào)用POV-Ray軟件（見上）生成質(zhì)量非常高的蛋白圖像。
Molmol 主要用來進(jìn)行各種分子文件的轉(zhuǎn)換，支持30種主要分子格式，也可以用來進(jìn)行3維分子的簡單顯示�？蓪DB格式輸出為POV格式后，用POV-RAY進(jìn)行渲染，生成非常漂亮的三維圖形。演示版只支持樣板文件與原子數(shù)小于20的分子文件格式的轉(zhuǎn)換。不知是否有取巧的辦法。
十、生物顯微圖像分析
Scion Image 是一個優(yōu)秀的免費(fèi)圖像處理與分析工具。是非常流行的蘋果機(jī)上的NIH（National Institutes of Health) Image的WINDOWS版，用來顯示編輯分析各種圖像。 讀取格式為 TIFF 與BMP格式,是一個專業(yè)圖像分析軟件，適用與于科學(xué)處理，這點從研發(fā)單位便可看出。生物學(xué)工作者處理圖像必備。
SigmaScan Pro 5.0 是一個有力的圖像分析軟件30天全功能演示版，進(jìn)行數(shù)字圖像的分析處理，可以很容易地將圖像進(jìn)行分析，得出科學(xué)結(jié)論。
Image-Pro Plus Version 4.5 Media Cybernetics公司的專業(yè)產(chǎn)品，不僅可以進(jìn)行顯微分析，還可也進(jìn)行其他科學(xué)分析。
十一、數(shù)據(jù)統(tǒng)計類軟件
SAS世界排名第一，專業(yè)性極強(qiáng)，能做各種統(tǒng)計，是FDA唯一批準(zhǔn)有效的統(tǒng)計軟件。但人機(jī)對話不方便，主要是類似DOS下的命令操作，最新的8.0版本，稍有改進(jìn)，鼠標(biāo)操作性較好，若今后能進(jìn)一步改進(jìn)操作的話，其應(yīng)用將大大廣泛。是專業(yè)統(tǒng)計人員的首選軟件。
SPSS，世界排名第二，最新版本11.01，其特點：功能強(qiáng)大，易于操作，簡單明了，人機(jī)對話方便，數(shù)據(jù)庫接口豐富，最新SPSS可以讀出SAS數(shù)據(jù)，是業(yè)余人員的首選。最新版本糾正以往的不穩(wěn)定、運(yùn)行速度慢的缺點。11.0運(yùn)行速度是 10.0的十倍以上，主要原因是SPSS公司將原有的內(nèi)核全部更換了。但SPSS分為不同版本，如basic版、standard版和advance版。許多復(fù)雜的統(tǒng)計功能只在advance版中才出現(xiàn)，如復(fù)雜多元相關(guān)、神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)統(tǒng)計，而前兩版中許多復(fù)雜統(tǒng)計并沒有（可能為了便于安裝使用吧，11.0的basic版約60M，standard約110M-150M,而高級版本則幾百M(fèi)。象SAS完成安裝則達(dá)6張CD！因而絕大多數(shù)人不可能使用它全部功能。因而常規(guī)建議是SPSS origin6.0一個統(tǒng)計，一個作圖，而且二者數(shù)據(jù)可以通用，效果很好！在我的主頁的站點導(dǎo)航 statisitic：最新10.0，運(yùn)行速度最快，模塊化操作，不同統(tǒng)計數(shù)據(jù)有不同界面風(fēng)格，使用方便，目前國內(nèi)有很多用戶。但其知名度在前二者之下，對一般用戶可以考慮選用。
Origin 7.0 是一個非常有名并且易于使用的科學(xué)用途數(shù)據(jù)繪圖與數(shù)據(jù)分析處理工具軟件，各種期刊上的統(tǒng)計圖，幾乎都是出自他的手筆。
以上的軟件過于強(qiáng)大，下面是一些小巧易用的數(shù)據(jù)統(tǒng)計作圖，更適合生物學(xué)的數(shù)據(jù)分析：
GraphPad Prism著名的數(shù)據(jù)處理軟件,用來進(jìn)行生物學(xué)統(tǒng)計、曲線擬合以及作圖。短小而功能齊全。
SigmaPlot 2002 著名的繪圖和數(shù)據(jù)分析軟件包可以根據(jù)各種數(shù)據(jù)，繪制精確的兩維或三維曲線，可以自由定制各數(shù)據(jù)軸的特性，并能進(jìn)行數(shù)據(jù)的各種統(tǒng)計分析。進(jìn)行一般的生物類數(shù)據(jù)處理作圖，功能足以。
Simstat 一個易于使用的智能統(tǒng)計軟件尤其適合對統(tǒng)計知識了解不多的人使用，它具有一個“專家系統(tǒng)”，引導(dǎo)你對數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計分析�？膳cSigmaPlot結(jié)合生成高質(zhì)量數(shù)據(jù)圖。
CurveExpert ELISA標(biāo)準(zhǔn)曲線擬合、及其它各種有關(guān)的實驗數(shù) 據(jù)分析，都可以應(yīng)用CurveExpert進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。它使用非常方便， 可以說是實驗數(shù)據(jù)處理的圣手，并且可以生成漂亮的曲線應(yīng)用到論文之中。
十二、文獻(xiàn)管理
reference Manager 10.0 可以在線通過查找關(guān)鍵詞搜索PubMed和609個Z39.50數(shù)據(jù)庫中的專業(yè)資料,同時保存查找的資料為本地文件。資料內(nèi)容和記錄分上下兩個屏幕，如有全文或想連接網(wǎng)絡(luò)時敲鍵盤就可以到相應(yīng)的全文文章和摘要�？梢灾苯釉赪ORD中查找資料，并插入引用。在文章中對引用的文獻(xiàn)可以格式化，引用的參考資料格式有很強(qiáng)的用戶自定義功能，可以符合各種雜志對引用格式的要求，引用時不用多窗口切換.
Endnote6.0 專業(yè)參考文獻(xiàn)查詢軟件，可在線查找Ineternet上的各種文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫，將查找到的資料保存入本地數(shù)據(jù)庫，并自動生成格式化的參考文獻(xiàn)清單插入各種文字處理軟件。
十三、進(jìn)化樹分析
Phylip 最為通用的進(jìn)化樹分析軟件。主要包括五個方面的功能軟件：i，DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)的分析軟件。ii，序列數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)變成距離數(shù)據(jù)后，對距離數(shù)據(jù)分析的軟件。 iii，對基因頻率和連續(xù)的元素分析的軟件。iv，把序列的每個堿基/氨基酸獨(dú)立看待（堿基/氨基酸只有0和1的狀態(tài)）時，對序列進(jìn)行分析的軟件。v，按照DOLLO簡約性算法對序列進(jìn)行分析的軟件。vi，繪制和修改進(jìn)化樹的軟件。
PUZZLE 核酸序列、蛋白序列相似性分析及進(jìn)化樹構(gòu)建工具。根據(jù)序列數(shù)據(jù)的最大相似性構(gòu)建進(jìn)化樹，一個軟件，并且對樹進(jìn)行bootstrap評估�？蓪Υ罅繑�(shù)據(jù)進(jìn)行快速分析構(gòu)建，程序還包含數(shù)個統(tǒng)計測試。
Paup 一種功能強(qiáng)大的商業(yè)版系統(tǒng)進(jìn)化分析軟件，據(jù)稱價值一萬大洋。
1、基因芯片綜合分析軟件。
ArrayVision 7.0 一種功能強(qiáng)大的商業(yè)版基因芯片分析軟件，不僅可以進(jìn)行圖像分析，還可以進(jìn)行數(shù)據(jù)處理，方便protocol的管理功能強(qiáng)大，商業(yè)版正式版：6900美元。
Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的產(chǎn)品，該公司的gelpro, imagepro一直以精確成為同類產(chǎn)品中的佼佼者，相信arraypro也不會差。
phoretix™ Array Nonlinear Dynamics公司的基因片綜合分析軟件。
J-express 挪威Bergen大學(xué)編寫，是一個用JAVA語言寫的應(yīng)用程序，界面清晰漂亮，用來分析微矩陣（microarray）實驗獲得的基因表達(dá)數(shù)據(jù)，需要下載安裝JAVA運(yùn)行環(huán)境JRE1.2后(5.1M)后，才能運(yùn)行。
2、 基因芯片閱讀圖像分析軟件
ScanAlyze 2.44 ，斯坦福的基因芯片基因芯片閱讀軟件，進(jìn)行微矩陣熒光圖像分析，包括半自動定義格柵與像素點分析。輸出為分隔的文本格式，可很容易地轉(zhuǎn)化為任何數(shù)據(jù)庫。
3、 基因芯片數(shù)據(jù)分析軟件
Cluster 斯坦福的對大量微矩陣數(shù)據(jù)組進(jìn)行各種簇（Cluster）分析與其它各種處理的軟件。
SAM Significance Analysis of Microarrays 的縮寫，微矩陣顯著性分析軟件，EXCEL軟件的插件，由Stanford大學(xué)編制。
4．基因芯片聚類圖形顯示
TreeView 1.5 斯坦福開發(fā)的用來顯示Cluster軟件分析的圖形化結(jié)果�，F(xiàn)已和Cluster成為了基因芯片處理的標(biāo)準(zhǔn)軟件。
FreeView 是基于JAVA語言的系統(tǒng)樹生成軟件，接收Cluster生成的數(shù)據(jù)，比Treeview增強(qiáng)了某些功能。
5．基因芯片引物設(shè)計
Array Designer 2.00 DNA微矩陣（microarray）軟件，批量設(shè)計DNA和寡核苷酸引物工具
二、RNA二級結(jié)構(gòu)
RNA Structure 3.5 RNA Sturcture 根據(jù)最小自由能原理，將Zuker的根據(jù)RNA一級序列預(yù)測RNA二級結(jié)構(gòu)的算法在軟件上實現(xiàn)。預(yù)測所用的熱力學(xué)數(shù)據(jù)是最近由Turner實驗室獲得。提供了一些模塊以擴(kuò)展Zuker算法的能力，使之為一個界面友好的RNA折疊程序。允許你同時打開多個數(shù)據(jù)處理窗口。主窗口的工具條提供一些基本功能：打開文件、導(dǎo)入文件、關(guān)閉文件、設(shè)置程序參數(shù)、重排窗口、以及即時幫助和退出程序。RNAdraw中一個非常非常重要的特征是鼠標(biāo)右鍵菜單打開的菜單顯示對鼠標(biāo)當(dāng)前所指向的對象/窗口可以使用的功能列表。RNA文庫（RNA Library）用一種容易操作的方式來組織你所有的RNA數(shù)據(jù)文件。 基本配置：Windows95,Windows98或WindowsNT。Pentium以上芯片，32兆內(nèi)存。
RNAdraw 是一個進(jìn)行RNA二級結(jié)構(gòu)計算的軟件。 1. 它 是Windows下的多文檔窗口 (multipledocument interface) 軟件，允許你同時打開多個數(shù)據(jù)處理窗口。主窗口的工具條提供一些基本功能：打開文件、導(dǎo)入文件、關(guān)閉文件、設(shè)置程序參數(shù)、重排窗口、以及即時幫助和退出程序。2. RNAdraw中一個非常非常重要的特征是鼠標(biāo)右鍵菜單打開的菜單顯示對鼠標(biāo)當(dāng)前所指向的對象/窗口可以使用的功能列表。3. RNA文庫（RNA Library）用一種容易操作的方式來組織你所有的RNA數(shù)據(jù)文件。
loopDloop 2.07b Java語言寫成的繪制RNA二級結(jié)構(gòu)的軟件，需要安裝JAVA虛擬機(jī)。
Circles 0.1.0 Java語言寫成的繪制RNA二級結(jié)構(gòu)的軟件，需要安裝JAVA虛擬機(jī)。
三、序列綜合分析
Vector NTI Suite 8.0 不喜歡裝備各種專業(yè)性強(qiáng)的軟件，而希望用一個綜合性的軟件代替的同志可以選擇本軟件。本階段的大部分功能它都有。該軟件具體特有良好的數(shù)據(jù)庫管理（增加、修改、查找），對要操作的數(shù)據(jù)放在一個界面相同的數(shù)據(jù)庫中統(tǒng)一管理。軟件中的大部分分析可以通過在數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行選定（數(shù)據(jù)）->分析->結(jié)果（顯示、保存和入庫）三步完成。在分析主界面，軟件可以對核酸蛋白分子進(jìn)行限制酶分析、結(jié)構(gòu)域查找等多種分析和操作，生成重組分子策略和實驗方法，進(jìn)行限制酶片段的虛擬電泳，新建輸入各種格式的分子數(shù)據(jù)、加以注釋，輸出高質(zhì)量的圖像。Vector NTI Suite還有以下獨(dú)立的分析程序，完成相關(guān)分析。這些獨(dú)立的程序，可以通過選定->分析->結(jié)果三步調(diào)用。
l 3DMol－顯示PDB格式分子的三維結(jié)構(gòu)
l Align X－序列相似性比較
l Align Xblocks－序列局部完全相同比較
l ContigExpress－將小片段拼裝成長序列
l GCGConverter－GCG格式文件轉(zhuǎn)換成NTI的格式
l PubMed/Entrez Search－搜索PubMed、PDB、GenBank
l Back Translation－核酸->蛋白->核酸反向翻譯的工具
l Matrix Editor－矩陣數(shù)據(jù)編輯
l Tools Manager－連接其他程序和網(wǎng)絡(luò)連接的界面。分成Align、Analyze、Assemble、Tools四部分。
DNAStar5.03 即著名的Lasergene Suite，由EditSeq MegAlign、GeneQuest MapDraw PrimerSelect Protean SeqMan II七個模塊組成，該軟件的MegAlign模塊，可以對多達(dá)64000的片段進(jìn)行拼裝。整個拼裝過程即時顯示，并提示可能的完成時間。拼裝結(jié)果采用序列、策略等方式顯示。DNAstar是哈佛大學(xué)醫(yī)學(xué)院是使用的序列分析軟件，可見其功能強(qiáng)大。
Omiga 2.0實際上，大部分對核酸蛋白的序列分析功能，在Omiga 2.0中都能找到；而且界面非常友好。Omiga作為強(qiáng)大的蛋白質(zhì)、核酸分析軟件，它還兼有引物設(shè)計的功能。主要功能：編輯、瀏覽、蛋白質(zhì)或核酸序列，分析序列組成。用Clustal. W進(jìn)行同源序列比較，發(fā)現(xiàn)同源區(qū)。實現(xiàn)了核酸序列與其互補(bǔ)鏈之間的轉(zhuǎn)化，序列的拷貝、刪除、粘貼、置換以及轉(zhuǎn)化為RNA鏈，以不同的讀碼框、遺傳密碼標(biāo)準(zhǔn)翻譯成蛋白質(zhì)序列。查找核酸限制性酶切位點、基元（Motif）及開放閱讀框（ORF），設(shè)計并評估PCR、測序引物。查找蛋白質(zhì)解蛋白位點（Proteolytic Sites）、基元、二級結(jié)構(gòu)等。查尋結(jié)果可以以圖譜及表格的顯示，表格設(shè)有多種分類顯示形式。利用Mange快捷鍵，用戶可以向限制性內(nèi)切酶、蛋白質(zhì)或核酸基元、開放閱讀框及蛋白位點等數(shù)據(jù)庫中添加或移去某些信息。每一數(shù)據(jù)庫中都設(shè)有多種查尋參數(shù)，可供選擇使用。用戶也可以添加、編輯或自定義某些查尋參數(shù)。可從MacVectorTM、Wisconsin PackageTM等數(shù)據(jù)庫中輸入或輸出序列。另外，該軟件還提供了一個很有特色的類似于核酸限制酶分析的蛋白分析，對蛋白進(jìn)行有關(guān)的多肽酶處理后產(chǎn)生多肽片段。
DS gene : Omiga 2.0的換代產(chǎn)品，accelrys公司Discovery studio系列，accelrys公司的insight II,GCG是業(yè)內(nèi)蛋白分析和核酸分析的權(quán)威軟件，DS gene 是GCG的個人機(jī)簡版，功能強(qiáng)大，而且可以直接與GCG服務(wù)器相連。由于受到vector NTI的界面影響，DS gene 與Omiga 2.0相比界面有了很大的改變。
DNASIS for Windows 2.5版是日立軟件公司（Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd.）97年推出的一個功能強(qiáng)大的序列分析軟件。包含有大部分分子生物學(xué)軟件的常用功能，可進(jìn)行DNA，RNA，蛋白質(zhì)序列的編輯和分析，甚至還能進(jìn)行質(zhì)粒作圖、數(shù)據(jù)庫查詢等功能，足可滿足一般實驗室的要求。在DOS時代，DNASIS 7等版本便是流傳甚廣并曾給過許多人以幫助的分子生物學(xué)軟件，因此我們有理由期待Win版的DNASIS 會帶給我們驚喜。 DNASIS MAX 1.0 DNASIS 2.5的更新?lián)Q代產(chǎn)品。綜合序列分析軟件，體積比上一個版本一下膨脹了許多。界面風(fēng)格也改變了很多。
DNATools 5.1 與Omiga, DNAsis, PCgene等軟件屬于同一類的綜合性軟件,操作簡單功能多。DNATools設(shè)計的用戶友好、強(qiáng)壯，以便快速、方便地獲取、貯藏和分析序列及數(shù)據(jù)庫查詢獲得的序列相關(guān)信息。DNATools包容性很好，能把幾乎所有文本文件打開作為序列。當(dāng)程序不能辨別序列的格式時（通過尋找常用序列格式的特征），會顯示這個文件的文本形式，以便你編輯生成正確的蛋白質(zhì)或DNA序列，編輯后可以再被載入程序。若你的序列是DNATools格式時（DNA或寡核苷酸序列），程序不加注解的載入序列，程序模式調(diào)整成可以接受載入的數(shù)據(jù)類型（蛋白質(zhì)、DNA和寡核苷酸引物序列）。在一個項目中可以加入幾千個序列或引物，并在整個項目中分析這些序列及標(biāo)題。這個程序的一個特點是給每個序列或引物添加文本標(biāo)題。這樣就可以用自定義的標(biāo)題識別序列，而不必通過它們的文件名。
Bioedit一個具有序列簡單分析和序列對比功能的軟件。該軟件有一個簡單親切的界面，集成其他已經(jīng)很有效果的序列比對軟件。另外該軟件還有很多有用的相關(guān)站點連接。雖然該軟件看起來結(jié)構(gòu)簡單，但卻又很強(qiáng)的可充性，可以自由整合許多軟件，例如viewtree.
Jellyfish 2.1 只水母不簡單，可以用來進(jìn)行DNA翻譯，序列排隊比較，限制酶消化，提交序列進(jìn)行BLAST，研究項目管理等。操作十分簡單，只需拖動與點擊便可。
Genetools Genebio公司的核酸序列分析軟件，雖然不及vect NTI 和DS gene 強(qiáng)大，它具有repeat /vect find 使其他分析軟件所不具有的，值得一提的是該軟件具有的CpG island分析。
DNAMAN 限制酶分析，引物設(shè)計，對排（aligment）,翻譯，數(shù)據(jù)庫操作，Blast，序列裝配（Sequence assembly）.易學(xué)易用，操作方便。
四、限制酶切位點分析
DNAssist2.0 大多軟件只對線性序列進(jìn)行分析，那么cNNNNN…NNNgaatt環(huán)狀的序列就找不到EcoR I的位點。DNAssist 1.0能很容易把這個EcoR I位點找出來。另外DNAssist在輸出上非常完美，除了圖形、線性顯示外，還有類似DNASIS的列表方式，列出有的位點（按酶排列，按堿基順序排列）。
五、質(zhì)粒繪圖
Gene Construction Kit 2.0 這一個非常好的質(zhì)粒構(gòu)建軟件包。與大多數(shù)分析的軟件不同，它制作并顯示克隆策略中的分子構(gòu)建過程；包括質(zhì)粒構(gòu)建，模擬電泳條帶；當(dāng)然還可以質(zhì)粒作圖（有無序列均可）。通過它繪出來的圖還可以繼續(xù)用來構(gòu)建克隆策略圖譜。只是該軟件由于功能太強(qiáng)，使用起來也不簡單；幸虧它附有詳細(xì)的使用幫助，認(rèn)真研究后，應(yīng)該沒有問題。
Winplas 2.6 該軟件用來繪制發(fā)表質(zhì)量的質(zhì)粒圖，可廣泛應(yīng)用與論文、教材的質(zhì)粒插圖。其特性包括：1.知道序列或不知序列結(jié)構(gòu)均能繪制質(zhì)粒圖；2. 可讀入各種流行序列格式文件引入序列信息；3. 自動識別限制位點 可構(gòu)建序列結(jié)構(gòu)，功能包括：從文件插入序列、置換序列、序列編輯、部分序列刪除等；4. 繪圖功能強(qiáng)大，功能包括：位點標(biāo)簽說明、任意位置文字插入、生成彩圖、線性或環(huán)形序列繪制、可輸出到剪貼板、可輸出到圖像文件；5. 限制酶消化分析報告輸出與序列輸入報告功能。
Plasmid Premier2.02 是由加拿大的Premier Biosoft公司推出的用于質(zhì)粒作圖的專業(yè)軟件，主要用于進(jìn)行質(zhì)粒作圖，質(zhì)粒特征分析和質(zhì)粒設(shè)計。其主要界面分為序列編輯窗口（Genetank），質(zhì)粒作圖窗口（Plasmid Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和紋基分析窗口（Motif）。打開程序就可進(jìn)入序列編輯窗口，可以直接打開Genbank或Vector數(shù)據(jù)庫中已知質(zhì)粒的序列文件，將序列讀入，并將有關(guān)于質(zhì)粒的各種特征，包括編碼區(qū)，啟動子，多克隆位點以及參考文獻(xiàn)等信息保存在Header中；也可以直接輸入序列進(jìn)行未知質(zhì)粒的設(shè)計。
Redasoft Visual Cloning 2000 用來幫助生命科學(xué)家快速而輕松地繪制專業(yè)級質(zhì)量的質(zhì)粒載體圖， 主要的性能包括：快速和輕松地生成一個清晰，色彩鮮明的環(huán)行或線性的載體圖。自動識別和解析序列文件。新增的web瀏覽功能允許你鏈接到數(shù)據(jù)庫站點，并支持下載和自動將序列文件轉(zhuǎn)換成載體圖。強(qiáng)大的限制性內(nèi)切酶分析功能和擁有將近1000種來自REBASE的限制性內(nèi)切酶。片段的刪除和插入完全模擬克隆實驗并和其他圖形兼容。所看即所得 (What You See Is What You Get)的編輯環(huán)境使得你的打印結(jié)果和你在屏幕上看到的保持一致。自動標(biāo)記各種區(qū)段的堿基位置以避免重疊�？蛇x擇的圖形比例尺使幾個構(gòu)造圖間很容易比較。允許質(zhì)粒圖拷貝到剪貼板并粘貼到其他Windows應(yīng)用程序�？梢杂胑-mail的方式傳遞載體圖。
SimVector 質(zhì)粒圖繪制軟件，繪制發(fā)表質(zhì)量的質(zhì)粒圖與序列、載體圖。
Clone Manager 小巧的研究人員日常使用的輔助克隆工具，主要功能是限制酶切割、分子重組、質(zhì)粒作圖等。
六、引物分析
Primer Premier 5.0 顧名思義，該軟件就是用來進(jìn)行引物設(shè)計的�？梢院唵蔚赝ㄟ^手動拖動鼠標(biāo)以擴(kuò)增出相應(yīng)片段所需的引物，而在手動的任何時候，下面顯示各種參數(shù)的改變和可能的二聚體、異二聚體、發(fā)夾結(jié)構(gòu)等。也可以給定條件，讓軟件自動搜索引物，并將引物分析結(jié)果顯示出來。而且進(jìn)行這些操作非常簡單
Oligo 6.57 引物分析著名軟件，主要應(yīng)用于核酸序列引物分析設(shè)計軟件，同時計算核酸序列的雜交溫度（Tm）和理論預(yù)測序列二級結(jié)構(gòu)。
Primer D'Signer 1.1 免費(fèi)的引物設(shè)計輔助軟件，專門用于pASK-IBA和pPR-IBA表達(dá)載體，簡化引物設(shè)計工作。
Array Designer 2.00 DNA微矩陣（microarray）軟件，批量設(shè)計DNA和寡核苷酸引物工具
Beacon Designer 1.01 PCR定量分析分子信標(biāo)(Molecular beacon )設(shè)計軟件
NetPrimer 于WEB界面的引物設(shè)計程序，1.8M，包括JAVA程序和幫助文件，解壓后，可在本地直接使用，不須再連到原始網(wǎng)站使用。
七、蛋白二級結(jié)構(gòu)分析
ANTHEPROT 4.5 是位于法國的蛋白質(zhì)生物與化學(xué)研究院（Institute of Biology and Chemistry of Proteins）用十多年時間開發(fā)出的蛋白質(zhì)研究軟件包。軟件包包括了蛋白質(zhì)研究領(lǐng)域所包括的大多數(shù)內(nèi)容，功能非常強(qiáng)大。應(yīng)用此軟件包，使用個人電腦，便能進(jìn)行各種蛋白序列分析與特性預(yù)測。更重要的是該軟件能夠提供蛋白序列的一些二級結(jié)構(gòu)信息，使用戶有可能模擬出未知蛋白的高級結(jié)構(gòu)。
Peptool, 與genetool同出一家，可以進(jìn)行氨基酸序列的二級結(jié)構(gòu)預(yù)測，motif的尋找，酶切片斷的分析，以及轉(zhuǎn)錄后的甲基化分析。是為數(shù)不多的蛋白分析軟件。
VHMPT （Viewer and editor for Helical Membrane Protein Topologies）是螺旋狀膜蛋白拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)觀察與編輯軟件，可以自動生成帶有跨膜螺旋的蛋白的示意性2維拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)，并可對拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)進(jìn)行交互編輯。由**生物醫(yī)學(xué)科學(xué)研究所的黃明經(jīng)博士編制。安裝Tcl 8.0 (2.6M)方可運(yùn)行。
MACAW 序列構(gòu)建與分析工作臺軟件(Multiple Alignment Construction & Analysis Workbench, MACAW)是一個用來構(gòu)建與分析多序列片段的交互式軟件。MACAW具有幾個特點： 1. 新的搜索算法查尋類似區(qū)，消除了先前技術(shù)的許多限制。 2. 應(yīng)用一個最近發(fā)展的數(shù)學(xué)原理計算block類似性的統(tǒng)計學(xué)顯著性。 3. 使用各種視圖工具，可以評估一個候選block包含在一個多序列中的可能性。 4． 可以很容易地編輯每一個block。
八、凝膠分析軟件
BandScan 4.30 通用的電泳膠條帶定量分析軟件，手動、自動找到條帶，手動的條帶可以是無規(guī)則的，可以清除背景。進(jìn)行分子量、百分比、質(zhì)量、波峰等方面的定量分析。直接使用掃描儀。將數(shù)據(jù)輸出到excel文件。
band leader 3.0 小巧的凝膠圖像分析軟件。
TotalLab 2.0 是一個全智能化的凝膠分析軟件，對DNA、蛋白凝膠電泳圖像、arrays, dot blots與colonies等圖像可以進(jìn)行很方便的處理。功能齊全，很容易上手。
Quantityone ： bio-rad公司的1d凝膠分析軟件，但可配套各種產(chǎn)品，界面華麗，能夠生成報告，具有大公司的風(fēng)范。
QuantiScan 2.1 功能單一的1D凝膠分析軟件，但經(jīng)評測能夠及其準(zhǔn)確的測量出各個條帶的分子量。
Gel-Pro Analyzer Media Cybernetics公司的產(chǎn)品，一向以提供專業(yè)級的分析軟件而著稱。
SigmaGel 1.0 SPSS公司凝膠分析產(chǎn)品。
Melanie 3 Viewer Swiss Institute of Bioinformatics (SI用來查看使用Melanie3軟件獲得的凝膠圖片與相關(guān)數(shù)據(jù)，也包括一些有限的凝膠數(shù)據(jù)分析功能。
PDQuest 6.2.1 bio-rad公司一個分析2維凝膠并生成數(shù)據(jù)庫的標(biāo)準(zhǔn)軟件。使用它，可以同時分析100個凝膠圖像，生成包含1000個凝膠圖像的數(shù)據(jù)庫。
九、三維結(jié)構(gòu)顯示
RasMol 2.7 是計算化學(xué)與分子圖形學(xué)以及信息產(chǎn)業(yè)的同步高速發(fā)展的成果，使一個普通的科研工作人員，在自己的個人電腦上，就可以從Internet上的各種免費(fèi)數(shù)據(jù)庫中，下載所需觀察與研究的分子坐標(biāo)文件，進(jìn)而通過RasMol 2.7以各種模式、各種角度，甚至按照自己的意愿旋轉(zhuǎn)著，觀察此分子神秘的微觀三維立體結(jié)構(gòu)，進(jìn)而了解化合物分子結(jié)構(gòu)和各種微觀性質(zhì)與宏觀性質(zhì)之間的定量關(guān)系。RasMol 2.7的作者是Glaxo&Wellcome公司（世界第一大制藥公司）研發(fā)中心的科學(xué)家Roger Sayle。 RasMol 2.7最大的特點是界面簡單，基本操作簡單，運(yùn)行非常迅速，對機(jī)器的要求較低，對小的有機(jī)分子與大分子，如蛋白質(zhì)、DNA或RNA, 均能適用，且顯示模式非常豐富。而且它程序短小，功能強(qiáng)大。尚無在功能上出其右者。其顯示窗口可以很簡單通過選擇相應(yīng)的菜單來顯示分子的三維結(jié)構(gòu)。用命令行窗口，通過輸入命令可以執(zhí)行和顯示復(fù)雜和要求極高的三維圖形。
CHIME 2.6 IE與NetScape瀏覽器插件,安裝后,可以直接用瀏覽器觀看PDB格式的文件,直接在瀏覽器中觀看3D分子。
ICMLite 維分子瀏覽工具，是MolSoft公司出品的軟件ICM的簡化版,免費(fèi)推出， 但功能十分強(qiáng)大。可讀取PDB格式及其他數(shù)種格式的分子文件,易于操作,顯示的分子圖像我認(rèn)為優(yōu)于RasMol,值得一試。還可以進(jìn)行一些計算操作。
POV-Ray 3.5 是一個高質(zhì)量、完全免費(fèi)創(chuàng)造最棒三維圖像的非常有名的工具，用在分子生物學(xué)上，便是用它生成高質(zhì)量的三維大分子圖像。見過Science封面上漂亮極的分子圖像嗎？便是用它與以下軟件結(jié)合制作出來的。運(yùn)算POV格式文件，生成三維圖形，非常棒。該軟件相當(dāng)于一種語言，修改pov格式文件，可以定義光源、攝像機(jī)、材質(zhì)、陰影等因素，把生物分子的表面用材質(zhì)填充，根據(jù)光源、攝像機(jī)得到分子三維圖的一個角度的圖。分辨率最大可達(dá)1280*1024。圖象質(zhì)量精美。
DS viewer pro 5.0 Accerlys公司Discovery studio系列中的一員。
3D-mol viewer, 帶動windows系統(tǒng)下生物軟件革新的vector NTIsuite中的一員。
Cn3D 是由NCBI開發(fā)的用于觀看蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的軟件，其設(shè)計的主要目的是為NCBI在其站點中的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫MMDB提供專業(yè)的結(jié)構(gòu)觀察軟件，其主要的操作界面分為兩個窗口，如右圖所示，一個為結(jié)構(gòu)窗口，另一個為序列窗口。與其他的類似的軟件，如Rasmol，Weblabview等相比，其在結(jié)構(gòu)觀察方面主要功能上基本相似，但是圖形格式上比Rasmol和Weblabview要差一些。而在與網(wǎng)絡(luò)連接上，該軟件能依托NCBI所建立的所建立的MMDB結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫，能直接根據(jù)輸入的序列號從數(shù)據(jù)庫中利用其內(nèi)嵌的Entrez搜索引擎調(diào)出蛋白結(jié)構(gòu)來進(jìn)行觀察，比其他軟件要簡便。而Cn3D主要的特點是能夠?qū)蓚�蛋白放在一起直觀地進(jìn)行三維結(jié)構(gòu)上的比較，如下圖中是將兩種核酸外切酶的三維結(jié)構(gòu)通過VAST對準(zhǔn)得到的結(jié)構(gòu)比較圖：同樣，Cn3D在結(jié)構(gòu)比較方面也能利用其內(nèi)嵌的Blast搜索引擎直接訪問Genbank數(shù)據(jù)庫找到具有局部相似性的結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)，并在三維結(jié)構(gòu)圖中顯示出二者具有相似性的結(jié)構(gòu)區(qū)域。
Spdbv 即Swiss-PdbViewer， 是一個界面非常友好的應(yīng)用程序，使用起來比RASMOL方便，用來同時分析幾個蛋白PDB文件�？梢詫讉�蛋白疊加起來用來分析結(jié)構(gòu)類似性，比較活性位點或其它有關(guān)位點。通過菜單操作與直觀的圖形，可以很容易獲得氫鍵、角度、原子距離、氨基酸突變等數(shù)據(jù)。該軟件與Swiss-Model服務(wù)器（蛋白立體結(jié)構(gòu)構(gòu)建服務(wù)器）緊密關(guān)聯(lián)，可以從軟件直接連到Swiss-Model服務(wù)器進(jìn)行理論蛋白立體結(jié)構(gòu)構(gòu)建。而且，該軟件可以調(diào)用POV-Ray軟件（見上）生成質(zhì)量非常高的蛋白圖像。
Molmol 主要用來進(jìn)行各種分子文件的轉(zhuǎn)換，支持30種主要分子格式，也可以用來進(jìn)行3維分子的簡單顯示�？蓪DB格式輸出為POV格式后，用POV-RAY進(jìn)行渲染，生成非常漂亮的三維圖形。演示版只支持樣板文件與原子數(shù)小于20的分子文件格式的轉(zhuǎn)換。不知是否有取巧的辦法。
十、生物顯微圖像分析
Scion Image 是一個優(yōu)秀的免費(fèi)圖像處理與分析工具。是非常流行的蘋果機(jī)上的NIH（National Institutes of Health) Image的WINDOWS版，用來顯示編輯分析各種圖像。 讀取格式為 TIFF 與BMP格式,是一個專業(yè)圖像分析軟件，適用與于科學(xué)處理，這點從研發(fā)單位便可看出。生物學(xué)工作者處理圖像必備。
SigmaScan Pro 5.0 是一個有力的圖像分析軟件30天全功能演示版，進(jìn)行數(shù)字圖像的分析處理，可以很容易地將圖像進(jìn)行分析，得出科學(xué)結(jié)論。
Image-Pro Plus Version 4.5 Media Cybernetics公司的專業(yè)產(chǎn)品，不僅可以進(jìn)行顯微分析，還可也進(jìn)行其他科學(xué)分析。
十一、數(shù)據(jù)統(tǒng)計類軟件
SAS世界排名第一，專業(yè)性極強(qiáng)，能做各種統(tǒng)計，是FDA唯一批準(zhǔn)有效的統(tǒng)計軟件。但人機(jī)對話不方便，主要是類似DOS下的命令操作，最新的8.0版本，稍有改進(jìn)，鼠標(biāo)操作性較好，若今后能進(jìn)一步改進(jìn)操作的話，其應(yīng)用將大大廣泛。是專業(yè)統(tǒng)計人員的首選軟件。
SPSS，世界排名第二，最新版本11.01，其特點：功能強(qiáng)大，易于操作，簡單明了，人機(jī)對話方便，數(shù)據(jù)庫接口豐富，最新SPSS可以讀出SAS數(shù)據(jù)，是業(yè)余人員的首選。最新版本糾正以往的不穩(wěn)定、運(yùn)行速度慢的缺點。11.0運(yùn)行速度是 10.0的十倍以上，主要原因是SPSS公司將原有的內(nèi)核全部更換了。但SPSS分為不同版本，如basic版、standard版和advance版。許多復(fù)雜的統(tǒng)計功能只在advance版中才出現(xiàn)，如復(fù)雜多元相關(guān)、神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)統(tǒng)計，而前兩版中許多復(fù)雜統(tǒng)計并沒有（可能為了便于安裝使用吧，11.0的basic版約60M，standard約110M-150M,而高級版本則幾百M(fèi)。象SAS完成安裝則達(dá)6張CD！因而絕大多數(shù)人不可能使用它全部功能。因而常規(guī)建議是SPSS origin6.0一個統(tǒng)計，一個作圖，而且二者數(shù)據(jù)可以通用，效果很好！在我的主頁的站點導(dǎo)航 statisitic：最新10.0，運(yùn)行速度最快，模塊化操作，不同統(tǒng)計數(shù)據(jù)有不同界面風(fēng)格，使用方便，目前國內(nèi)有很多用戶。但其知名度在前二者之下，對一般用戶可以考慮選用。
Origin 7.0 是一個非常有名并且易于使用的科學(xué)用途數(shù)據(jù)繪圖與數(shù)據(jù)分析處理工具軟件，各種期刊上的統(tǒng)計圖，幾乎都是出自他的手筆。
以上的軟件過于強(qiáng)大，下面是一些小巧易用的數(shù)據(jù)統(tǒng)計作圖，更適合生物學(xué)的數(shù)據(jù)分析：
GraphPad Prism著名的數(shù)據(jù)處理軟件,用來進(jìn)行生物學(xué)統(tǒng)計、曲線擬合以及作圖。短小而功能齊全。
SigmaPlot 2002 著名的繪圖和數(shù)據(jù)分析軟件包可以根據(jù)各種數(shù)據(jù)，繪制精確的兩維或三維曲線，可以自由定制各數(shù)據(jù)軸的特性，并能進(jìn)行數(shù)據(jù)的各種統(tǒng)計分析。進(jìn)行一般的生物類數(shù)據(jù)處理作圖，功能足以。
Simstat 一個易于使用的智能統(tǒng)計軟件尤其適合對統(tǒng)計知識了解不多的人使用，它具有一個“專家系統(tǒng)”，引導(dǎo)你對數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計分析�？膳cSigmaPlot結(jié)合生成高質(zhì)量數(shù)據(jù)圖。
CurveExpert ELISA標(biāo)準(zhǔn)曲線擬合、及其它各種有關(guān)的實驗數(shù) 據(jù)分析，都可以應(yīng)用CurveExpert進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。它使用非常方便， 可以說是實驗數(shù)據(jù)處理的圣手，并且可以生成漂亮的曲線應(yīng)用到論文之中。
十二、文獻(xiàn)管理
reference Manager 10.0 可以在線通過查找關(guān)鍵詞搜索PubMed和609個Z39.50數(shù)據(jù)庫中的專業(yè)資料,同時保存查找的資料為本地文件。資料內(nèi)容和記錄分上下兩個屏幕，如有全文或想連接網(wǎng)絡(luò)時敲鍵盤就可以到相應(yīng)的全文文章和摘要�？梢灾苯釉赪ORD中查找資料，并插入引用。在文章中對引用的文獻(xiàn)可以格式化，引用的參考資料格式有很強(qiáng)的用戶自定義功能，可以符合各種雜志對引用格式的要求，引用時不用多窗口切換.
Endnote6.0 專業(yè)參考文獻(xiàn)查詢軟件，可在線查找Ineternet上的各種文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫，將查找到的資料保存入本地數(shù)據(jù)庫，并自動生成格式化的參考文獻(xiàn)清單插入各種文字處理軟件。
十三、進(jìn)化樹分析
Phylip 最為通用的進(jìn)化樹分析軟件。主要包括五個方面的功能軟件：i，DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)的分析軟件。ii，序列數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)變成距離數(shù)據(jù)后，對距離數(shù)據(jù)分析的軟件。 iii，對基因頻率和連續(xù)的元素分析的軟件。iv，把序列的每個堿基/氨基酸獨(dú)立看待（堿基/氨基酸只有0和1的狀態(tài)）時，對序列進(jìn)行分析的軟件。v，按照DOLLO簡約性算法對序列進(jìn)行分析的軟件。vi，繪制和修改進(jìn)化樹的軟件。
PUZZLE 核酸序列、蛋白序列相似性分析及進(jìn)化樹構(gòu)建工具。根據(jù)序列數(shù)據(jù)的最大相似性構(gòu)建進(jìn)化樹，一個軟件，并且對樹進(jìn)行bootstrap評估�？蓪Υ罅繑�(shù)據(jù)進(jìn)行快速分析構(gòu)建，程序還包含數(shù)個統(tǒng)計測試。
Paup 一種功能強(qiáng)大的商業(yè)版系統(tǒng)進(jìn)化分析軟件，據(jù)稱價值一萬大洋。