微生物（Microorganism, microbe）一詞并非生物分類學(xué)上的專門名詞，而是指大量的、極其多樣的、不借助顯微鏡看不見(jiàn)的微小生物類群的總稱。因此，微生物通常包括病毒、細(xì)菌、真菌、原生動(dòng)物和某些藻類，它們的大小和特征見(jiàn)表1-1。
表1-1.微生物形態(tài)、大小和細(xì)胞類型 
微生物    大小近似值     細(xì)胞特征
病毒    0.01～0.25μm    非細(xì)胞的
細(xì)菌      0.1～10μm     原核生物
真菌        2μm～1m     真核生物 
原生動(dòng)物   2～1000μm    真核生物
藻類       1μm～幾米    真核生物
    但是有些例外。如許多真菌子實(shí)體、蘑菇等常肉眼可見(jiàn)；相同的，某些藻類能生長(zhǎng)幾米長(zhǎng)。一般來(lái)說(shuō)，微生物可以認(rèn)為是相當(dāng)簡(jiǎn)單的生物，大多數(shù)的細(xì)菌、原生動(dòng)物、某些藻類和真菌是單細(xì)胞的微生物，即使為多細(xì)胞的微生物，也沒(méi)有許多的細(xì)胞類型。病毒甚至沒(méi)有細(xì)胞，只有蛋白質(zhì)外殼包圍著的遺傳物質(zhì)，且不能獨(dú)立生活。

1.2 微生物在生物分類中的地位
    在生物發(fā)展的歷史上，曾把所有的生物分為動(dòng)物界和植物界兩大類。而微生物，不僅形體微小、結(jié)構(gòu)簡(jiǎn)單，而且它們中間有些類型像動(dòng)物，有些類型像植物，還有些類型既有動(dòng)物的某些特征，又具有植物的某些特征，因而歸于動(dòng)物或植物都不合適。于是，1866年海克爾（Haeckel）提出區(qū)別動(dòng)物界與植物界的第三界——原生生物界。它包括藻類、原生動(dòng)物、真菌和細(xì)菌。
    隨著科學(xué)的發(fā)展，新技術(shù)和研究方法的應(yīng)用，尤其是電子顯微鏡和超顯微結(jié)構(gòu)研究技術(shù)的應(yīng)用，發(fā)現(xiàn)了生物的細(xì)胞核有兩種類型，一種是沒(méi)有真正的核結(jié)構(gòu)，稱為原核，其細(xì)胞不具核膜，只有一團(tuán)裸露的核物質(zhì)；另一種是由核膜、核仁及染色體組成的真正的核結(jié)構(gòu)稱為真核。動(dòng)物界、植物界及原生生物界中的大部分藻類、原生動(dòng)物和真菌是真核生物，而細(xì)菌、藍(lán)細(xì)菌則是原核生物。真核生物和原核生物不僅細(xì)胞核的結(jié)構(gòu)不同，而且其性狀也有差別，真核生物和原核生物性狀的比較內(nèi)容將在第二章詳細(xì)介紹。
    根據(jù)核結(jié)構(gòu)的不同，1969年魏塔科（Whittaker）提出五界系統(tǒng)，即動(dòng)物界、植物界、原生生物界、真菌界和原核生物界。五界系統(tǒng)的生物都有細(xì)胞結(jié)構(gòu)。病毒作為一界被提出的較晚，主要原因是 ①病毒和類病毒是生物還是非生物，是原始類型還是次生類型是長(zhǎng)期爭(zhēng)論未決的問(wèn)題；②病毒不是用雙命法，分類不用階元系統(tǒng)。但經(jīng)過(guò)長(zhǎng)期研究發(fā)現(xiàn)，病毒和細(xì)胞型生物是有共同特性：①遺傳物質(zhì)是DNA（部分病毒是RNA）；②使用共同的遺傳密碼。在此基礎(chǔ)上，我國(guó)學(xué)者于1979年提出將無(wú)細(xì)胞結(jié)構(gòu)病毒立為病毒界，從而建立了六界系統(tǒng)。
細(xì)胞型生物
動(dòng)物界（Animalia）
植物界（Plantae）
原生生物界（Protista）：原生動(dòng)物、大部分藻類及粘菌
真菌界（Fungi）：酵母、霉菌
原核生物界（Procaryotae）：細(xì)菌、放線菌、藍(lán)細(xì)菌等
非細(xì)胞型生物：病毒界（Vira）