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其實(shí)我們一般微生物實(shí)驗(yàn)室自己還是可以做一些工作，特別是細(xì)菌的鑒定。再就是菌種鑒定時，不是直接拿來就鑒定，需要一些預(yù)先做一些處理或判斷。現(xiàn)將一些基礎(chǔ)知識進(jìn)行總結(jié)如下：
一、相關(guān)定義
1、生理生化鑒定：根據(jù)微生物對各種生理?xiàng)l件（溫度、pH、氧氣、滲透壓）、生化指標(biāo)（唯一碳氮源、抗生素、酶、鹽堿性）代謝反應(yīng)進(jìn)行分析，并將結(jié)果轉(zhuǎn)化成軟件可以識別的數(shù)據(jù)，進(jìn)行聚類分析，與已知的參比菌株數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比較，最終對未知菌進(jìn)行鑒定的一種技術(shù)。
2、革蘭氏染色：系細(xì)菌學(xué)中廣泛使用的一種鑒別染色法，染色后細(xì)菌與環(huán)境形成鮮明對比，可以清楚地觀察到細(xì)菌的形態(tài)、排列及某些結(jié)構(gòu)特征，而用以分類鑒定。
3、平板劃線法：系指把雜菌樣品通過在平板表面劃線稀釋而獲得單菌落的方法。
4、氧化酶試驗(yàn)：氧化酶不直接與氧化酶試劑起反應(yīng)，而是先使細(xì)胞色素C氧化，然后此氧化型細(xì)胞色素C再使對苯二胺氧化，產(chǎn)生顏色反應(yīng)而進(jìn)行的試驗(yàn)，用于區(qū)分不發(fā)酵的革蘭陰性桿菌（氧化酶陽性）和腸道菌（氧化酶陰性）。
5、觸酶試驗(yàn)：大多需氧和兼性厭氧菌均產(chǎn)生過氧化氫酶，但鏈球菌屬陰性，故常用此試驗(yàn)來鑒定，用于區(qū)分葡萄球菌(過氧化氫酶陽性）和鏈球菌(過氧化氫酶陰性）。
6、凝固酶試驗(yàn)：用于區(qū)分凝固酶陰性葡萄球菌（可推測為非致病性）和凝固酶陽性葡萄球菌(很可能為致病性）。
二、工作程序
1、微生物鑒定程序
微生物鑒定的基本程序包括分離純化和鑒定，鑒定時一般先將待檢菌進(jìn)行初步的分類。鑒定的方法有表型微生物鑒定和基因型微生物鑒定，根據(jù)所需要達(dá)到的鑒定水平選擇鑒定方法。目前實(shí)驗(yàn)室室進(jìn)行表型微生物鑒定后可以用API試劑條進(jìn)行或其他等效的試劑條進(jìn)行菌種鑒定，如API試劑條鑒定不能滿足要求時采取委外鑒定。
注：為了控制成本，可以自己進(jìn)行鑒定，不具備能力時再委外。API鑒定用的試劑條的效期有限，需要注意效期或跟供應(yīng)商做好溝通備貨。
1.1 待檢菌的分離與純化
微生物鑒定的第一步是待檢培養(yǎng)物的分離純化，最常用的分離純化方法是挑去待檢菌的純培養(yǎng)物（單個菌落），必要時可進(jìn)一步進(jìn)行純培養(yǎng)，為表型鑒定和隨后的鑒定程序提供足夠量的菌體。從藥物原材料、制藥用水、生產(chǎn)環(huán)境、中間產(chǎn)品和最終產(chǎn)品的樣品中檢出的受損微生物，經(jīng)分離純化程序使其由不利生存易產(chǎn)生變化的狀態(tài)變?yōu)樵跔I養(yǎng)富集和最佳培養(yǎng)溫度條件下生存的穩(wěn)定狀態(tài)，以保證鑒定結(jié)果的準(zhǔn)確性，具體詳見表1。
表1待檢菌的分離與純化明細(xì)表
1.1.1 平板劃線法
平板劃線方法一般通過連續(xù)畫蛇形曲線或四區(qū)劃線方法進(jìn)行。四區(qū)劃線具體步驟如下：先在平皿上做好標(biāo)識，然后在選擇所獲得的新鮮菌種進(jìn)行劃線；左手持無菌平板，拇指和食指控制皿蓋，其余指控制皿底，打開皿蓋，用接種環(huán)在皿上進(jìn)行劃線，一區(qū)要連續(xù)緊密的幾根平行線（如果菌量過多可以更換接種環(huán)），二區(qū)緊著著一區(qū)的最后一根線帶出來，劃幾根平行線，然后三區(qū)、四區(qū)同樣的操作，四區(qū)應(yīng)盡量避免接觸到菌落密集區(qū)，影響單菌落的形成；最后再選擇適宜的溫度進(jìn)行培養(yǎng)。
1.1.2 稀釋倒平板法
首先把微生物懸液作一系列的稀釋（如1:10、1:100、1:1000、1:10000），然后分別取不同稀釋液少許，與已熔化并冷卻至50℃左右的瓊脂培養(yǎng)基混合，搖勻后，傾入滅過菌的培養(yǎng)皿中，待瓊脂凝固后，制成可能含菌的瓊脂平板，保溫培養(yǎng)一定時間即可出現(xiàn)菌落。
如果稀釋得當(dāng)，在平板表面或瓊脂培養(yǎng)基中就可出現(xiàn)分散的單個菌落，這個菌落可能就是由一個細(xì)菌細(xì)胞繁殖形成的。隨后挑取該單個菌落，或重復(fù)以上操作數(shù)次，便可得到純培養(yǎng)。
1.1.3 涂布平板法
因?yàn)閷⑽⑸飸乙合燃拥捷^燙的培養(yǎng)基中再倒平板易造成某些熱敏感菌的死亡，且采用稀釋倒平板法也會使一些嚴(yán)格好氧菌因被固定在瓊脂中間缺乏氧氣而影響其生長，因此在微生物學(xué)研究中常用的純種分離方法是涂布平板法。
其做法是先將已熔化的培養(yǎng)基倒入無菌平皿，制成無菌平板，冷卻凝固后，將一定量的微生物懸液滴加在平板表面，再用無菌玻璃涂棒將菌液均勻分散至整個平板表面，經(jīng)培養(yǎng)后挑取單個菌落。
1.2 初篩實(shí)驗(yàn)
常規(guī)的微生物鑒定，一般要先進(jìn)行初篩試驗(yàn)確定待檢菌的基本微生物特征，將待檢菌進(jìn)行初步分類。常見的初篩試驗(yàn)包括革蘭氏染色、芽孢染色、鏡檢觀察染色結(jié)果和細(xì)胞形態(tài)、重要的生化反應(yīng)等。
1.2.1 革蘭氏染色
原理：檢查細(xì)菌細(xì)胞壁的滲透性，染色前所有細(xì)胞是透明的，結(jié)晶紫著色后用碘增加染料與菌體結(jié)合，乙醇從G(-)菌體洗脫結(jié)晶紫，用番紅液復(fù)染，革蘭氏陰性菌呈粉紅色，革蘭氏陽性菌呈藍(lán)紫色。
染色步驟：一般按照染色液說明書規(guī)定進(jìn)行染色，如說明書無明確說明時按以下步驟進(jìn)行染色。結(jié)晶紫初染，在載玻片上滴一小滴純化水，用灼燒過的接種針挑取少量細(xì)菌，置載玻片的水滴中與水混合并涂抹開，涂抹要均勻平坦，涂抹后直徑約為1cm的薄層。
將載玻片在火焰上方快速來回通過一兩次，以載玻片的加熱面接觸手背皮膚，不覺過燙為佳，待冷卻后再在火焰上方來回通過一兩次，再冷卻，重復(fù)操作直到薄層干燥為止；在制好的片上滴一滴草酸銨結(jié)晶紫，染色1min后用水洗；碘液媒染，加碘液一滴，作用1min后用水沖洗，用過濾紙吸干；乙醇脫色，用95%乙醇脫色，脫色時間大概為30s。水洗后用過濾紙吸干；番紅復(fù)染，滴加0.5%的番紅染色液一滴，染色10～30s后，用自來水沖洗。
鏡檢：先低倍鏡，再高倍鏡，最后油鏡觀察，觀察菌落形態(tài)與菌落顏色，菌落呈紅色即革蘭氏陰性菌，呈藍(lán)紫色為革蘭氏陽性菌。
1.2.2 芽孢染色
一般按照染色液使用說明進(jìn)行芽孢染色。如無明確說明時按以下步驟進(jìn)行芽孢染色。涂片，先在載玻片上滴一滴純化水，用接種環(huán)灼燒過的接種針挑取少量細(xì)菌，置載玻片的水滴中與水混合并涂抹開，涂抹要均勻平坦，涂抹后直徑約為1cm的薄層。
干燥固定，將載玻片在火焰上方快速來回通過一兩次，以載玻片的加熱面接觸手背皮膚，不覺過燙為佳，待冷卻后再在火焰上方來回通過一兩次，再冷卻，重復(fù)操作直到薄層干燥為止�？兹妇G覆蓋，用木夾夾住載玻片一端，加數(shù)滴5%孔雀綠染液覆蓋涂片，在微火上加熱至染料冒蒸汽并開始計(jì)時，維持5min。
沖洗，待玻片冷卻后，用緩流自來水沖洗載玻片背面，直至流出的水無色為止。復(fù)染，用0.5%番紅染液覆蓋玻片，保持3min。水洗干燥，用緩流自來水沖洗載玻片背面，直至流出的水無色為止，使其自然干燥。鏡檢，觀察菌落是否含有芽孢。
1.2.3 氧化酶試驗(yàn)（革蘭氏陰性桿菌）
革蘭氏陰性菌，做氧化酶試驗(yàn)。取將待檢菌落于無菌的濾紙片上，滴加一滴氧化酶試劑，反應(yīng)3分鐘，出現(xiàn)紫色為陽性，反之為陰性。
1.2.4 非發(fā)酵菌鑒定
接種前把OF培養(yǎng)基在沸水浴溶解，在室溫冷卻后,每試驗(yàn)分裝2個安培的固體OF培養(yǎng)基，利用接種針挑單個菌落,穿刺到OF培養(yǎng)基(深度約1cm)，把其中一個已接種好的安培(OF.F),用石蠟油覆蓋1cm. 把兩個安培蓋上塑料帽,培養(yǎng)35-37°C , 24–48小時。
結(jié)果判定：兩瓶均為黃色，則為發(fā)酵菌，則為發(fā)酵菌，兩管培養(yǎng)基一瓶顯示綠色F-，一瓶顯示黃色O+。
1.2.5 觸酶試驗(yàn)（革蘭氏陽性菌）
玻片法：挑取被撿菌落于玻片上，直接用試劑進(jìn)行乳化，5s內(nèi)產(chǎn)生氣泡即為陽性結(jié)果，反之為陰性。
1.3 表型微生物鑒定
表型微生物鑒定依據(jù)表型特征的表達(dá)來區(qū)分不同微生物間的差異，是經(jīng)典的微生物分類鑒定法，以微生物細(xì)胞的形態(tài)和習(xí)性表型為主要指標(biāo)，通過比較微生物的菌落形態(tài)、理化特征和特征化學(xué)成分與典型微生物的差異進(jìn)行鑒別。微生物分類中使用的表型特征如表2。
表2 微生物分類中使用的表性特征表
1.4 API試劑條的使用
1.4.1 API試劑條的選條標(biāo)準(zhǔn)
根據(jù)API系統(tǒng)選條標(biāo)準(zhǔn)，來選擇適合的API鑒別條來鑒別。如革蘭氏陽性球菌：觸酶試驗(yàn)陽性為葡萄球菌用API STAPH鑒別，觸酶試驗(yàn)陰性為鏈球菌用API 20 STREP鑒別。
1.4.2 API試劑條的操作步驟
1.4.2.1 分離單個菌落：用一次性無菌接種環(huán)或已滅菌棉簽挑單個可疑菌落，盡量避免使用高度選擇性培養(yǎng)基。
1.4.2.2 安瓿瓶的開啟：蓋上安瓿開啟器，用手垂直握住安瓿瓶（白色塑料瓶蓋朝上），盡量將瓶蓋壓下，用大拇指頂住瓶蓋上斜面部分，同時用拇指向外加壓。
1.4.2.3 制菌懸液：將挑取的單個菌落置于含0.85%氯化鈉溶液或懸浮培養(yǎng)基5ml的安培瓶，混勻。
1.4.2.4 測定菌懸液濁度：
1.4.2.4.1 菌液的加入：將5mL無菌水放入培養(yǎng)盒以提供濕潤的培養(yǎng)環(huán)境，同時放入試紙條，將菌液接種到小管或小管及小杯(CIT, VP和 GEL)，利用石臘油覆蓋指定的生化孔(有劃線的孔ADH，ODC，H2S 和URE)，蓋上培養(yǎng)蓋。
1.4.2.4.2 培養(yǎng)：把試紙條放進(jìn)培養(yǎng)箱內(nèi)，利用指定溫度及時間進(jìn)行培養(yǎng)（如API20E : 35~37℃，18-24小時）。
1.4.2.4.3 附加試劑加入：培養(yǎng)結(jié)束后，按操作說明書規(guī)定，將附加試劑加進(jìn)適當(dāng)小孔內(nèi)。
1.4.2.4.4 結(jié)果分析：登錄APIWEB,試紙條上每三個小孔（小管）作為一組，記分分別為1、2、4分，將試紙條的顯色情況進(jìn)行輸入，進(jìn)行結(jié)果對比判讀。
1.4.2.5 結(jié)果判讀原理：
生化結(jié)果組合跟資料庫內(nèi)的典型條目(Taxa)作出比較，經(jīng)計(jì)算後，鑒定百比率（%Id）＝機(jī)會率，指示出不同菌類的比較，T值指示出在同一個菌類的相似程度。依據(jù)T值及%Id的組合，作出評語：
極好的鑒定結(jié)果 %Id >99.9及T>0.75
很好的鑒定結(jié)果 %Id >99.0及T>0.50
好的鑒定結(jié)果 %Id >90.0及T>0.25
可以接受的鑒定結(jié)果 %Id >80.0及T>0
可疑的生化譜 N/A
