盡管國(guó)家稅務(wù)總局先后發(fā)布了《關(guān)于試點(diǎn)物流企業(yè)有關(guān)稅收政策問(wèn)題的通知》和《關(guān)于物流企業(yè)繳納企業(yè)所得稅問(wèn)題的通知》，在國(guó)家政策層面基本上解決了物流企業(yè)在稅收方面遇到的突出問(wèn)題，但是，作為一個(gè)新興的產(chǎn)業(yè)，物流業(yè)涉及面非常廣，再加上各地情況千差萬(wàn)別，目前不少物流企業(yè)在稅收方面仍然面臨著不少問(wèn)題。
一是關(guān)于物流企業(yè)的認(rèn)定問(wèn)題。這是地方稅務(wù)部門執(zhí)行物流企業(yè)稅收政策首先遇到的問(wèn)題。雖然，目前已經(jīng)有了《物流企業(yè)分類與評(píng)估指標(biāo)》國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)，但這個(gè)標(biāo)準(zhǔn)的認(rèn)定和執(zhí)行還需要時(shí)間。就目前情況看，筆者認(rèn)為應(yīng)該以國(guó)家發(fā)改委和交通部等九部委的文件為依據(jù)，即物流企業(yè)是指具備或租用必要的運(yùn)輸工具和倉(cāng)儲(chǔ)設(shè)施，至少具有從事運(yùn)輸(或運(yùn)輸代理)和倉(cāng)儲(chǔ)兩種以上經(jīng)營(yíng)范圍，能夠提供運(yùn)輸、代理、倉(cāng)儲(chǔ)、裝卸、加工、整理、配送等一體化服務(wù)，并具有與自身業(yè)務(wù)相適應(yīng)的信息管理系統(tǒng)，經(jīng)工商行政管理部門登記注冊(cè)，實(shí)行獨(dú)立核算、自負(fù)盈虧、獨(dú)立承擔(dān)民事責(zé)任的經(jīng)濟(jì)組織。符合上述條件的，各級(jí)稅務(wù)部門就應(yīng)該認(rèn)定為物流企業(yè)。
二是關(guān)于試點(diǎn)企業(yè)所屬企業(yè)的問(wèn)題。在各地有一些試點(diǎn)企業(yè)的所屬企業(yè)不能夠享受試點(diǎn)政策。這就需要明確什么是所屬企業(yè)，是全資子公司，還是絕對(duì)控股或相對(duì)控股的企業(yè)？如何取得所屬企業(yè)的相關(guān)證明，需要明確。
三是關(guān)于自開票納稅人資格認(rèn)定的問(wèn)題。自開票納稅人有自有車輛數(shù)量的規(guī)定，這樣不利于整合社會(huì)資源。特別是一些集團(tuán)型物流企業(yè)，就集團(tuán)本身來(lái)講有足夠的車輛，但具體到某一家下屬公司，因?yàn)闆](méi)有運(yùn)輸車輛而不能取得自開票納稅人資格，也就享受不到營(yíng)業(yè)稅差額納稅的政策。
四是關(guān)于非試點(diǎn)物流企業(yè)的問(wèn)題。國(guó)稅發(fā)文后，個(gè)別地方作了片面理解，指出“凡不屬于國(guó)稅發(fā)〔2005〕208號(hào)文件規(guī)定的試點(diǎn)物流企業(yè)名單范圍內(nèi)的物流企業(yè)開具的貨物運(yùn)輸發(fā)票，一律不予計(jì)算抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額。”其實(shí)，早在208號(hào)文出臺(tái)前，國(guó)家稅務(wù)總局國(guó)稅發(fā)[2004]88號(hào)《關(guān)于貨物運(yùn)輸業(yè)若干稅收問(wèn)題的通知 》就允許，不論物流企業(yè)還是運(yùn)輸企業(yè)，開具的貨物運(yùn)輸發(fā)票，都可以計(jì)算抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額。208號(hào)文是88號(hào)文的延伸，并沒(méi)有否定88號(hào)文，因此非試點(diǎn)物流企業(yè)還應(yīng)該執(zhí)行88號(hào)文的規(guī)定。
五是關(guān)于第二批試點(diǎn)企業(yè)的申報(bào)問(wèn)題。第一批試點(diǎn)企業(yè)開始試點(diǎn)后，許多物流企業(yè)紛紛要求納入第二批試點(diǎn)。于今年5月召開的全國(guó)現(xiàn)代物流工作部際聯(lián)席會(huì)議第二次會(huì)議，在《紀(jì)要》的附件中提出，國(guó)家稅務(wù)總局牽頭會(huì)同國(guó)家發(fā)改委、財(cái)政部繼續(xù)落實(shí)《關(guān)于試點(diǎn)物流企業(yè)有關(guān)稅收政策問(wèn)題的通知》，在總結(jié)前期物流企業(yè)試點(diǎn)基礎(chǔ)上，積極穩(wěn)妥地推進(jìn)現(xiàn)代物流企業(yè)試點(diǎn)工作。
六是關(guān)于整合個(gè)體戶車輛的發(fā)票抵扣問(wèn)題。有試點(diǎn)企業(yè)反映，他們?cè)趯?shí)際操作中由于整合利用了個(gè)體戶的車輛，沒(méi)有原始發(fā)票可以抵扣，還是不能享受試點(diǎn)政策。類似這樣的問(wèn)題，應(yīng)該尋求一個(gè)解決的辦法。
七是關(guān)于倉(cāng)儲(chǔ)業(yè)發(fā)票稅率偏高和不能抵扣增值稅的問(wèn)題。倉(cāng)儲(chǔ)及其他物流服務(wù)業(yè)不僅稅率高于運(yùn)輸業(yè)，而且還不能抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額，這樣不利于一體化物流業(yè)務(wù)的開展，也給管理上帶來(lái)了一定的困難。
八是關(guān)于倉(cāng)庫(kù)租金能否抵扣的問(wèn)題。國(guó)稅208號(hào)文有這樣的規(guī)定：“試點(diǎn)企業(yè)將承攬的倉(cāng)儲(chǔ)業(yè)務(wù)分給其他單位并由其統(tǒng)一收取價(jià)款的，應(yīng)該以企業(yè)取得的全部收入減去付給其他倉(cāng)儲(chǔ)合作方的倉(cāng)儲(chǔ)費(fèi)后的余額為營(yíng)業(yè)額計(jì)算征收營(yíng)業(yè)稅。”有試點(diǎn)企業(yè)提出，他們?nèi)〉玫膫}(cāng)儲(chǔ)業(yè)務(wù)收入約60%要支付倉(cāng)庫(kù)的租金，而這一塊希望納入抵扣范圍。
九是關(guān)于所得稅屬地繳納的問(wèn)題。雖然國(guó)稅函[2006]270號(hào)文中已經(jīng)說(shuō)明，符合條件的物流企業(yè)可以統(tǒng)一繳納所得稅，但由于體制的限制，許多企業(yè)還不能夠享受這項(xiàng)政策。有的企業(yè)甚至每開一個(gè)分支機(jī)構(gòu)，當(dāng)?shù)囟紩?huì)要求重新登記注冊(cè)，把稅務(wù)關(guān)系留在當(dāng)?shù)�，這樣很不利于網(wǎng)絡(luò)型物流企業(yè)的發(fā)展。
十是關(guān)于減輕稅負(fù)和涵養(yǎng)稅源的關(guān)系。由于各地情況不同，物流企業(yè)實(shí)際稅負(fù)有比較大的差異。我們不僅要關(guān)注名義稅率，更要努力做到物流企業(yè)的實(shí)際稅負(fù)大體平衡。從總體上來(lái)看，解決物流企業(yè)重復(fù)納稅的問(wèn)題，減輕物流企業(yè)的稅務(wù)負(fù)擔(dān)，不僅有利于物流企業(yè)的發(fā)展，有利于社會(huì)資源的整合，也有利于從整體上擴(kuò)大稅基，涵養(yǎng)稅源。