這是最早在原核基因的激活蛋白和阻遏蛋白中發(fā)現(xiàn)的調控蛋白, 是一種同型二聚體。構成同型二聚體的每個單體由20個氨基酸殘基的小肽組成α螺旋-轉角-α螺旋結構, 其中一個螺旋為識別螺旋(recognition helix), 負責識別DNA大溝的特異堿基序列。另一個螺旋沒有堿基特異性, 與DNA磷酸戊糖鏈骨架接觸。在與DNA特異結合時, 以二聚體形式發(fā)揮作用, 結合靠蛋白質的氨基酸側鏈與特異堿基對之間形成氫鍵。