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      PIR國際蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫

      放大字體  縮小字體 發(fā)布日期:2006-09-19

      PIR國際蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(PSD)是由蛋白質(zhì)信息資源(PIR)、慕尼黑蛋白質(zhì)序列信息中心(MIPS)和日本國際蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(JIPID)共同維護(hù)的國際上最大的公共蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫。這是一個全面的、經(jīng)過注釋的、非冗余的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫,包含超過142,000條蛋白質(zhì)序列(至99年9月),其中包括來自幾十個完整基因組的蛋白質(zhì)序列。所有序列數(shù)據(jù)都經(jīng)過整理,超過99%的序列已按蛋白質(zhì)家族分類,一半以上還按蛋白質(zhì)超家族進(jìn)行了分類。PSD的注釋中還包括對許多序列、結(jié)構(gòu)、基因組和文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫的交叉索引,以及數(shù)據(jù)庫內(nèi)部條目之間的索引,這些內(nèi)部索引幫助用戶在包括復(fù)合物、酶-底物相互作用、活化和調(diào)控級聯(lián)和具有共同特征的條目之間方便的檢索。每季度都發(fā)行一次完整的數(shù)據(jù)庫,每周可以得到更新部分。

      PSD數(shù)據(jù)庫有幾個輔助數(shù)據(jù)庫,如基于超家族的非冗余庫等。PIR提供三類序列搜索服務(wù):基于文本的交互式檢索;標(biāo)準(zhǔn)的序列相似性搜索,包括BLAST、FASTA等;結(jié)合序列相似性、注釋信息和蛋白質(zhì)家族信息的高級搜索,包括按注釋分類的相似性搜索、結(jié)構(gòu)域搜索GeneFIND等。

       

       

       
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