一、資料收集整理階段。本階段需要查找某個項目專題的文章,并寫出對該專題的綜述,以便對自己所要做的課題的現(xiàn)狀有一個基本的了解。
推薦軟件:Reference Manager 9.0
同類參考軟件:Endnote 3.1.2
二、序列分析、實驗設(shè)計模擬階段。
1.綜合性軟件。
這類軟件要求對本階段上述的大部分功能均具備,而且這類軟件在一些專項分析上仍有絕對優(yōu)勢。
推薦軟件:DNASTAR 4.03
同類參考軟件:Vector NTI Suite 6.0,Omiga 2.0、DNASIS 2.5,DNATools 5.1
2.制酶分析。
可能是最簡單的功能了,用普通的文本搜索也能找出相應(yīng)的序列位點。正因如此,我們希望軟件在結(jié)果輸出上有更完美的表現(xiàn)。另外幾乎所有的軟件都沒有考慮在酶切位點前應(yīng)該有保護堿基,所以該分析通過,并不能在實驗中總能通過。
推薦軟件:DNAssist 1.0
同類參考軟件:Primer Premier 5.0,Vector NTI Suite 6.0和其他多種軟件
3.引物設(shè)計。
引物設(shè)計一般包括用于檢測和用于進一步分子操作的引物。其中用于分子操作的在原來序列上設(shè)計,加上接頭和保護堿基。但幾乎所有軟件都沒有考慮接頭和保護堿基的設(shè)計。因此能否對假定的引物進行各種屬性的分析,參考各種結(jié)果,最后找到合適的引物序列便成為選擇軟件的最關(guān)鍵。
推薦軟件:Primer3
同類參考軟件:Primer Premier 5.0,Vector NTI Suite 6.0,DNAClub,Oligo 5.0
4.序列比對。
序列比對包括部分完全相同序列查找和序列相似性排列兩類。與限制酶分析相似,由于這類軟件的算法沒有多大變化,內(nèi)核大都是相同的,所以其結(jié)果輸出和易用性也成了更重要的標準。
推薦軟件: GeneDoc 3.2,MagAlign 4.03(Lasergene Suite)
同類參考軟件:Vector NTI Suite 6.0等
5.質(zhì)粒作圖。
這也是最常用的序列顯示功能。我們要求軟件能對已知序列自動作圖,對未知序列但關(guān)鍵部位位置清楚的質(zhì)粒也能作圖。主要是標示各種酶切位點、基因序列、特定結(jié)構(gòu)域序列。
推薦軟件:Gene Construction Kit 2.0
參考軟件:Winplas 2.6 pDRAW32 1.0.33等
6.結(jié)構(gòu)域(motif)查找。
與限制酶的分析相似,這也是一個文本查找的內(nèi)容,關(guān)鍵在于以何種方式顯示查詢結(jié)果。
推薦軟件:Primer Premier 5.0
7.序列查找下載工具。
推薦軟件:Vector NTI Suite 6.0: PubMed-Entrez Searching
參考軟件:Network Entrez
8.RNA二級結(jié)構(gòu)預(yù)測及分析。
似乎人們在二級結(jié)構(gòu)預(yù)測方面沒有什么明確的模型。因此,對這類軟件只能以參考參考的心態(tài)來使用了,不能報任何希望。
推薦軟件:RNAdraw 1.1b2
參考軟件:RNAStructure 3.5
9.蛋白二級結(jié)構(gòu)分析。
不要指望軟件能給你帶來一個有三維結(jié)構(gòu)的蛋白,所謂的分析只能給你一個蛋白某些片段有形成什么結(jié)構(gòu)的趨向。結(jié)果判定還是要靠人本身。
推薦軟件:Vector NTI Suite 6.0 :Bioplot
參考軟件:Antheprot 4.5
10.克隆策略圖譜。
幾乎所有人都用手工或用繪圖軟件來畫出整個克隆過程,各種位點只能大概估計,與核酸的序列之間的關(guān)系當然無從談起,F(xiàn)在終于有可以解決問題的軟件登陸了。
推薦軟件:Gene Construction Kit 2.0
11.三維結(jié)構(gòu)顯示。
用各種方法計算出來的各種三維結(jié)構(gòu)的數(shù)據(jù)只有在相關(guān)軟件幫助的情況下,才能顯示出其本來面目,使得我們對這些分子的結(jié)構(gòu)有一個直觀的體會。
推薦軟件:RasMol 2.7.1
參考軟件:ICMlite 1.0 Cn3D
12.翻譯/ORF Finding
推薦軟件:Gene Construction Kit 2.0
參考軟件:Primer Premier 5.0,Vector NTI Suite 6.0
13.格式轉(zhuǎn)換。
各種軟件為了自己軟件的需要有不同的格式,對我們使用數(shù)據(jù)帶來了困難。格式轉(zhuǎn)換軟件可以將不同格式數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換以方便使用。
推薦軟件:Seqverter 1.3
參考軟件:Visual Sequence Editor 1.1, Genestudio
三、實驗操作和數(shù)據(jù)分析階段
??本階段由于各實驗室的設(shè)備和方法的不同差異太大,如若用到軟件,請參考機器配備之軟件。但也有一些共同的要求和使用的軟件。
1.單向電泳條帶定量分析。
推薦軟件:BandScan 4.50
參考軟件:band leader 3.0
2.據(jù)統(tǒng)計分析作圖?赡茉谀承┣闆r下需要用到這類軟件。由于專業(yè)的統(tǒng)計軟件也很多,比較出色。我們只推薦一個比較適合生物的軟件SigmaPlot 2000。
3.序列拼裝。這是多基因方面用得比較多的程序,在單基因的研究中有時也會用到。
推薦軟件:SeqMan 4.03 (Lasergene Suite)
參考軟件:Vector NTI Suite 6.0
四、文章寫作和結(jié)果發(fā)表
??本階段主要是對所獲得的結(jié)果整理,并發(fā)表在合適的地方。
1.文獻引用。
推薦軟件:EndNote 5.0
參考軟件:Reference Manager 9.0
2.生成出版質(zhì)量的圖片。發(fā)表時,對用到的分子結(jié)構(gòu)的圖片質(zhì)量要求較高,直接從RasMol等軟件中截取的圖片質(zhì)量不夠精美。
推薦軟件:Pov-Ray for Windows 3.1
參考軟件:molmol 2.5.1,mole 1.1.8
3.序列遞交。結(jié)果中有新的序列需要遞交到各大數(shù)據(jù)庫中必須符合各數(shù)據(jù)庫的要求。除了下面推薦的軟件外,也可以通過寫好一種格式后,用格式轉(zhuǎn)換軟件轉(zhuǎn)換為其他種類格式,以向不同的數(shù)據(jù)庫遞交序列。