在細(xì)菌的鑒別和分類(lèi)中，對(duì)其細(xì)胞結(jié)構(gòu)或是生理、生化特性進(jìn)行觀察和測(cè)定并不太困難的，多利用下列方法：在各種培養(yǎng)基上的生長(zhǎng)狀況；對(duì)碳水化合物和蛋白質(zhì)的利用和分解情況；在DNA中的鳥(niǎo)嘌呤、胞嘧啶的克分子量的百分比；有時(shí)還根據(jù)血清學(xué)的試驗(yàn)結(jié)果等。細(xì)菌的屬名和種名都是按命名規(guī)則而定的，但認(rèn)為把全部細(xì)菌都按一個(gè)分類(lèi)體系來(lái)定名不太合理的意見(jiàn)，愈來(lái)愈顯得有說(shuō)服力。（1）已往在應(yīng)用上廣為依據(jù)的伯杰氏分類(lèi)手冊(cè)第7版（1957年）中，在原生植物門(mén)中設(shè)置了包括裂殖菌綱、病毒和立克次氏體類(lèi)的最小生物綱，并將裂殖菌綱分成10目：（i）假單胞菌目；（ii）鞘桿菌目；（iii）生絲微菌目；（iv）真桿菌目；（v）放線(xiàn)菌目；（vi）核衣細(xì)菌目；（vii）貝日阿托氏菌目；（viii）粘球菌目；（ix）螺旋體目；（x）枝原體目。（2）在該書(shū)第8版（1974年）中雖分作原核生物界的細(xì)菌門(mén)，但由于加強(qiáng)了該書(shū)的便覽性質(zhì)，因而在其以下等級(jí)不再細(xì)分，只把全體分作19個(gè)部門(mén)，在各部門(mén)中，只在可能的情況下才把屬編成科和目。（3）所謂細(xì)菌類(lèi)，和其它的真核菌都是構(gòu)成不同于植物界的另一個(gè)菌界（Mycota），從這樣的見(jiàn)解來(lái)看，作為原核菌類(lèi)可放在亞界的位置上。然后，再像真核菌類(lèi)的分類(lèi)那樣，把原核菌類(lèi)大致區(qū)分作枝原體類(lèi)、細(xì)菌類(lèi)、粘細(xì)菌類(lèi)、螺旋體類(lèi)和放線(xiàn)菌類(lèi)5個(gè)門(mén)。其詳細(xì)區(qū)分可應(yīng)用伯杰氏分類(lèi)法。在其中間不包括病毒類(lèi)。