食品生產(chǎn)許可證是工業(yè)產(chǎn)品生產(chǎn)許可證的一部分，都是按照國家質(zhì)檢總局制定的工作程序、審查條件、工作部署開展工作。但兩者也是有一定的區(qū)別，首先是管理模式不同。如工業(yè)產(chǎn)品生產(chǎn)許可證由省級質(zhì)量技術(shù)監(jiān)督局負(fù)責(zé)受理申請，由省級質(zhì)量技術(shù)監(jiān)督局或者審查部負(fù)責(zé)審查；而食品生產(chǎn)許可證由市（地）級以上質(zhì)量技術(shù)監(jiān)督負(fù)責(zé)受理企業(yè)申請并承擔(dān)審查工作。
    其次，工業(yè)產(chǎn)品生產(chǎn)許可證制度是一種相對獨(dú)立的制度，而食品生產(chǎn)許可證則作為食品質(zhì)量安全市場準(zhǔn)入制度的一個(gè)環(huán)節(jié)，是通過對食品生產(chǎn)加工企業(yè)保證食品質(zhì)量安全必備條件的審查來保證食品質(zhì)量安全的。食品質(zhì)量安全市場準(zhǔn)入制度中的食品生產(chǎn)許可制度、強(qiáng)制檢驗(yàn)制度、市場準(zhǔn)入標(biāo)識制度等，是密切聯(lián)系、相互配套、不可分割的完整體系。