1 、新鮮果蔬和果汁的腐敗變質(zhì)
開始引起新鮮水果變質(zhì)的微生物是酵母菌和霉菌。引起蔬菜變質(zhì)的主要是酵母菌、霉菌和少數(shù)細菌。起初霉菌在果蔬表皮，或其污染物上生長，然后霉菌侵入果蔬組織，首先分解細胞壁中的纖維素，進一步分解其中的果膠、蛋白質(zhì)、有機酸、淀粉、糖類等，使其變成簡單物質(zhì)。在外觀上出現(xiàn)深色斑點，組織變松、變軟、凹陷，漸成液漿狀，并出現(xiàn)酸味、芳香味或酒味等。
果汁中主要發(fā)生乳酸菌以果汁中糖分、檸檬酸、蘋果酸等有機酸為發(fā)酵基質(zhì)的乳酸發(fā)酵和最常見的酵母菌引起的酒精發(fā)酵。在濃縮果汁中，一般性細菌難以忍受高濃度的糖分。果汁常見的霉菌是青霉，其次是曲霉。果汁變質(zhì)后會呈現(xiàn)渾濁、產(chǎn)生酒精和有機酸變化，結(jié)果原有風味被破壞或產(chǎn)生一些不愉快的異味。
2 、乳及乳制品的腐敗變質(zhì)
乳及乳制品的營養(yǎng)成分比較完全，都含有豐富的蛋白質(zhì)、極易吸收的鈣和完全的維生素等。因此極易為微生物所腐敗變質(zhì)。
鮮乳中污染微生物主要來源于乳房內(nèi)的污染微生物和環(huán)境中的微生物。主要有乳酸細菌、胨化細菌、脂肪分解細菌、酪酸細菌、產(chǎn)氣細菌、產(chǎn)堿細菌、以及酵母和霉菌。它們在鮮乳中的生長有一定的順序性，可以分為抑制期、乳酸鏈球菌期、乳酸桿菌期、真菌期和胨化細菌期， pH 值也是先下降再逐步回升，見圖 12-1 。
含水量合格的奶粉不適宜微生物生長。但原料奶污染嚴重，加工又不當?shù)哪谭壑锌赡芪廴居猩抽T氏菌（ Salmonella ）和金黃色葡萄球菌（ Staphylococcus aureus ）等病原菌。這些病原菌可能產(chǎn)生毒素而易引起中毒。微生物引起淡煉乳變質(zhì)，一是產(chǎn)生凝乳，即使煉乳凝固成塊。由于作用的微生物不同，凝乳又可為甜性凝乳和酸凝乳；二是產(chǎn)氣乳，即使煉乳產(chǎn)氣，使罐膨脹爆裂；三是由一些分解酪蛋白的芽孢桿菌作用，使煉乳產(chǎn)生苦味。
微生物引起甜煉乳變質(zhì)也有三種結(jié)果：一是由于微生物分解甜煉乳中蔗糖產(chǎn)生大量氣體而發(fā)生脹罐；二是許多微生物產(chǎn)生的凝乳酶使煉乳變稠；三是霉菌污染時會形成各種顏色的鈕扣狀干酪樣凝塊，使甜煉乳呈現(xiàn)金屬味和干酪味等。
3 、肉、魚、蛋類的腐敗變質(zhì)
禽畜肉類的微生物污染，一是在宰殺過程中各個環(huán)節(jié)上的污染，二是病畜、病禽肉類所帶有的各種病原菌，如沙門氏菌、金黃色葡萄球菌、結(jié)核桿菌、布魯氏菌（ Brucella ）等。腐生性微生物污染肉類后，在高溫高濕條件下很快使肉類腐敗變質(zhì)。肉類腐敗變質(zhì)，先是由于乳酸菌、酵母菌和其他一些革蘭氏陰性細菌在肉類表面上的生長，形成菌苔而發(fā)粘。然后分解蛋白質(zhì)產(chǎn)生的 H 2 S 與血紅蛋白形成硫化氫血紅蛋白而變成暗綠色，也由于各種微生物生長而產(chǎn)生不同色素，霉菌生長形成各種霉斑。同時可產(chǎn)生各種異味，如哈喇味、酸味、泥土味和惡臭味等。
魚類極易為水生微生物所引起腐敗變質(zhì)。假單胞菌、無色桿菌（ Achromobacter ）、黃桿菌（ Flavobacterium ）、產(chǎn)堿桿菌（ Alcaligenes ）、氣單胞菌（ Aeromonas ）等，是新鮮魚類的主要腐敗菌。新鮮魚類變質(zhì)后組織疏松，無光澤，由于組織分解產(chǎn)生的吲哚、硫醇、氨、硫化氫、糞臭素等，而常有難聞惡臭。腌魚由于嗜鹽細菌的生長而有橙色出現(xiàn)。
鮮蛋也由于卵巢內(nèi)污染、產(chǎn)蛋時污染和蛋殼污染而發(fā)生微生物性腐敗變質(zhì)。污染鮮蛋的微生物有禽病病原菌、其他腐生性細菌和霉菌等。它們使鮮蛋成為散黃蛋，并進一步分解產(chǎn)生硫化氫、氨、糞臭素等，蛋液成灰綠色，惡臭或粘附于蛋殼、蛋膜上。
4 、罐藏食品的腐敗變質(zhì)
罐藏食品也會發(fā)生腐敗變質(zhì)，其原因在于殺菌不徹底，罐內(nèi)仍殘留有一定量的微生物，或者罐頭密封不良而漏罐，外界進入微生物。
由于滅菌不徹底而殘留的微生物，一般以嗜熱性芽孢桿菌為主。它們所引起的罐頭腐敗變質(zhì)有三種：一是罐頭外觀正常，但內(nèi)部 pH 值可下降 0.1~0.3 ，稱為平酸變質(zhì)；二是 TA （ thermo-anaerobes ）嗜熱性厭氧菌腐敗，產(chǎn)氣、產(chǎn)酸并可使罐頭脹裂；三是產(chǎn)生硫化物腐敗食品。如罐頭中未殺滅的是厭氧性梭狀芽孢桿菌，則可能會進行丁酸發(fā)酵，并產(chǎn)生氫氣和 CO 2 ，不產(chǎn)芽孢細菌的污染主要是由于罐頭漏罐所引的，它們使罐頭內(nèi)食品發(fā)生渾濁、沉淀風味改變和產(chǎn)氣脹罐。