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微生物組測序--環(huán)境類樣本取樣方法
1.土壤
1.1 普通土壤
取樣容器：1.5-50ml離心管
送樣量：擴(kuò)增子重量≥2g；宏基因組重量≥5g；
1）根據(jù)研究設(shè)計(jì)選擇具有代表性的土壤；
2）采樣所用工具、塑料袋或其他物品都要事先滅菌，或用采取的土壤擦拭；
3）取 5-10cm處土壤，多點(diǎn)采取重量相當(dāng)?shù)耐寥肋M(jìn)行混勻，去除雜質(zhì)后再取一定量土壤裝入無菌管，每個(gè)樣品取樣2-10g；
4）密封后用大體積干冰運(yùn)輸，且要保證我方在收到樣品開箱檢驗(yàn)時(shí)有足夠的干冰剩余。
注意事項(xiàng)：為防止交叉污染，不建議使用自封袋取樣。
1.2 根際土壤
取樣容器：1.5ml-50ml離心管
送樣量：擴(kuò)增子重量≥2g；宏基因組重量≥5g；
1）使用的工器具要事先消毒滅菌處理；
2）采集20cm深的根際土壤于50mL的無菌管里，迅速放在液氮里凍存；
3）用20目的篩子過篩，去除植物根、動(dòng)物殘骸以及其他雜質(zhì)后分裝到無菌離心管里，每管3~5g，密封后立即-80℃儲(chǔ)存?zhèn)溆谩?/span>
2. 植物組織
送樣量：擴(kuò)增子重量≥1g；宏基因組重量≥2g；
1）大田或野外獲取的材料；
2）取材后需用70%酒精將材料表面的灰塵及泥土沖洗干凈，吸干；
3）液氮速凍后，放入預(yù)冷的50ml離心管或是封口袋中，用大體積干冰運(yùn)輸。
注意事項(xiàng)：優(yōu)先選用新鮮采集的樣品送樣；根，莖，果實(shí)組織較大時(shí)，切碎后送樣。
3. 植物根表面
取樣容器：1.5-50ml離心管
1）將所研究的物體放在事先滅好的無菌容器當(dāng)中；
2）加入PBS緩沖液后進(jìn)行振蕩，使得微生物從物體表面充分的脫落并聚集在PBS緩沖液當(dāng)中,震蕩至少2h以上；
3）直接提取PBS緩沖液中的微生物或者將緩沖液用濾膜過濾之后再進(jìn)行DNA的提取。
PBS濃度和PH有要求：濃度是用1x的，PH值是7.4的，一般買回來的PBS是10x的，我們會(huì)稀釋到1x。
注意事項(xiàng)：建議優(yōu)先使用超聲波洗滌。
4. 植物內(nèi)生菌
送樣量：擴(kuò)增子干重≥1g；宏基因組干重≥2g；
1）根據(jù)研究目的選取對應(yīng)的新鮮植物組織；
2）依次用70%無水乙醇浸泡40s，再用2.5%次氯酸鈉浸泡10min，每100ml 2.5%次氯酸鈉加一滴吐溫80；
3）無菌水清洗2-3次，-80℃保存。
5. 水體
取樣容器：1.5-50ml離心管
送樣量：擴(kuò)增子直徑3-4cm濾膜1-2張；宏基因組直徑3-4cm濾膜1-2張；
1）研究目的進(jìn)行確定水體的取樣深度和范圍；
2）采樣后進(jìn)行濾膜過濾，選擇合適孔徑的濾膜，對于澄清水體或者略渾濁水體，選用0.22μm或者0.45μm的濾膜，取樣體積大于5L；對于渾濁水體，建議先用大孔徑的濾膜過濾一遍，再用小孔徑的濾膜過濾；
3）水體泥樣的采集提供大于5g樣本；
4）用大體積干冰運(yùn)輸，且要保證我方在收到樣品開箱檢驗(yàn)時(shí)有足夠的干冰剩余。
注意事項(xiàng)：擴(kuò)增子項(xiàng)目將3-5L水體過濾到1-2張濾膜（0.22或0.45um）后裝入到離心管中；宏基因組項(xiàng)目將30-50L水體過濾到1-2張濾膜（0.22或0.45um）后裝入到離心管中。
6. 污泥、海洋沉積樣本
1）活性污泥樣本取自活性污泥裝置中，一般取樣量大于20ml，將其置于無菌管中，建議立即提取后-80℃保存；
2）海洋沉積樣本根據(jù)研究目的進(jìn)行取樣，一般建議取1kg以上的沉積物裝入塑料袋中，低溫運(yùn)輸并盡快進(jìn)行提取-80℃保存。
注意：活性污泥樣本等一般建議及時(shí)提取，樣本體積較大，長時(shí)間-80℃保存，一方面儲(chǔ)存不便，另一方面凍融提取也比較困難，加大了實(shí)驗(yàn)工作量及難度。建議提取后保存DNA即可。
7. 空氣
1）抽取針對實(shí)驗(yàn)?zāi)康牡目諝馕㈩w粒，用不同孔徑大小的無菌濾膜篩選目的顆粒（將含顆粒過濾膜裝入無菌鋁箔內(nèi)，密封在-80℃長期保存）；
2）截取適量大小過濾膜，置于含有1xPBS 緩沖液的50ml離心管；在4℃條件下，加速度離心2h；
3）溫和旋渦處理，0.2μm的Supor 200 PES Membrance Disc Filter 過濾紙重懸液。
注意：由于樣本特殊，微生物含量較少，建議多保管備份保存。
