熒光定量PCR 因操作方便、運(yùn)行速度快、實(shí)驗(yàn)結(jié)果準(zhǔn)確，受到越來越多的分子生物學(xué)研究者青睞。在實(shí)驗(yàn)技術(shù)成熟的今天，也許對(duì)你來說，最難的不是實(shí)驗(yàn)技術(shù)上的問題——而是選擇哪一種熒光定量PCR儀——你要征詢實(shí)驗(yàn)室成員的意見、分析實(shí)驗(yàn)室目前乃至將來的需求、平衡實(shí)驗(yàn)室的預(yù)算，更要詳細(xì)研究各種極富誘惑力的宣傳資料。面對(duì)各種不同性能的產(chǎn)品，您又該如何選擇呢？
首先建議大家走出認(rèn)識(shí)熒光定量PCR的兩個(gè)誤區(qū)：
誤區(qū)一：儀器通道越多越好
隨著PCR技術(shù)的成熟運(yùn)用，多重?cái)U(kuò)增越來越熱鬧，熒光定量PCR儀也不能幸免。從最初ABI公司推出的單通道熒光定量PCR儀發(fā)展到如今各個(gè)廠家都推出4通道、5通道甚至6通道熒光定量PCR儀，眼花繚亂的選擇讓人無所適從，就有人一不小心走進(jìn)了“通道越多越好”的誤區(qū)。
在使用有些廠家5通道的熒光定量?jī)x時(shí)，為了確保實(shí)驗(yàn)結(jié)果的準(zhǔn)確性都要在實(shí)驗(yàn)中使用ROX（一種熒光染料）或Reference dye，這些熒光染料都必須單獨(dú)使用一個(gè)檢測(cè)通道。這樣以來，真正能檢測(cè)多重PCR熒光信號(hào)的有效通道只有4個(gè)，而且使用校正染料可能會(huì)增加后期的使用成本。有的熒光定量PCR的檢測(cè)通道是只為自已廠家的的熒光染料或試劑開放的，有效檢測(cè)通道也絕非像宣傳資料中宣稱的那么多。在購買前確認(rèn)熒光定量PCR儀器的有效檢測(cè)通道尤為重要，不能單單只聽宣傳。
考慮多重?zé)晒舛�量PCR的通道數(shù)的時(shí)候也應(yīng)該從實(shí)驗(yàn)室實(shí)際情況出發(fā)，多重PCR并非人人適用、人人可用，因?yàn)樗�使�?shí)驗(yàn)復(fù)雜化了。
誤區(qū)二：real-time PCR儀無需梯度功能
對(duì)于使用染料法的定量PCR反應(yīng)，雖然有各種各樣的PCR引物設(shè)計(jì)軟件或者經(jīng)驗(yàn)公式計(jì)算熔解溫度（Tm值），但運(yùn)用的公式不同、引物序列不同，Tm值的差異會(huì)很大。引物的熔解溫度決定了退火溫度。而且模板中堿基的組合千變?nèi)f化，對(duì)于特殊片斷，經(jīng)驗(yàn)公式得到的數(shù)據(jù)不一定能得出準(zhǔn)確的結(jié)果，退火溫度細(xì)微的差異對(duì)結(jié)果都可能產(chǎn)生決定性的影響，因而“摸條件”一度是讓人很頭疼的問題。梯度PCR的出現(xiàn)部分解決了一些問題——在反應(yīng)過程中每個(gè)孔的溫度控制條件可以在范圍內(nèi)按照梯度變化，根據(jù)結(jié)果，一步就可以摸索出的反應(yīng)條件。
不單退火溫度，連變性溫度和延伸溫度都可以優(yōu)化——對(duì)于多種聚合酶混合酶擴(kuò)增如Invitrogen、Clontech、Promega的多數(shù)高保真Taq酶來說這個(gè)非常重要，因?yàn)門aq和校正酶的反應(yīng)溫度可能有顯著差異，優(yōu)化延伸溫度就顯得很重要。
使用有梯度功能的熒光定量PCR可以一次完成以往多次實(shí)驗(yàn)才能完成的優(yōu)化過程，簡(jiǎn)化了摸索PCR反應(yīng)條件的繁瑣實(shí)驗(yàn)，既節(jié)省實(shí)驗(yàn)時(shí)間，又節(jié)省實(shí)驗(yàn)成本。