真菌有真正細(xì)胞核、沒有葉綠素，它們一般都能進(jìn)行有性和無性繁殖，能產(chǎn)生孢子，它們的營養(yǎng)體通常是絲狀的且有分枝的結(jié)構(gòu)，具有幾丁質(zhì)(chitin)或纖維素的細(xì)胞壁(有人已將具纖維素細(xì)胞壁的類群獨(dú)立成卵菌門)，并且常常是進(jìn)行吸收營養(yǎng)的生物。真菌不含光合作用的色素，不能進(jìn)行光合作用制造養(yǎng)料，所以菌類的營養(yǎng)方式是異養(yǎng)(heterotrophy)的。異養(yǎng)方式多樣，凡從活的動物、植物吸收養(yǎng)分的稱為寄生(Parasitism)；從死的動、植物體或其他無生命的有機(jī)物中吸取養(yǎng)分的稱為腐生(saprophytism)；從活的有機(jī)體吸取養(yǎng)分，同時(shí)又提供該活體有利的生活條件，從而彼此間互相受益、互相依賴的稱為共生(symbiosis)。
真菌除少數(shù)種類是單細(xì)胞外，絕大多數(shù)是由纖細(xì)、管狀的菌絲(hypha)構(gòu)成的。菌絲分枝或不分枝。組成一個(gè)菌體的全部菌絲稱為菌絲體(mycelium)。菌絲一般直徑在10um以下，最細(xì)的不到0．5um，最粗的可超過100um。大多數(shù)菌絲都有隔膜(septum)，把菌絲分隔成許多細(xì)胞，稱為有隔菌絲(septate hypha)，有的低等真菌的菌絲不具隔膜，稱為無隔菌絲(non septate hypha)。菌絲細(xì)胞內(nèi)含有原生質(zhì)、細(xì)胞核、液泡、核糖體、線粒體、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)，貯藏的營養(yǎng)物質(zhì)是肝糖、油脂和菌蛋白，而不含淀粉。
菌絲又是吸收養(yǎng)分的結(jié)構(gòu)。腐生真菌可由菌絲直接從基質(zhì)中吸收養(yǎng)分，或產(chǎn)生假根吸取養(yǎng)分。寄生菌在寄主細(xì)胞內(nèi)寄生，直接和寄主的原生質(zhì)接觸吸取養(yǎng)分。真菌的菌絲在正常生活條件下，一般是很疏松的，但在環(huán)境條件不良或繁殖的時(shí)候，菌絲相互緊密交織在一起形成各種不同的菌絲組織體。常見者如引起木材腐爛的擔(dān)子菌的菌絲糾結(jié)成繩索狀，外形似根，叫做根狀菌素(rhizomorph)。有些真菌的菌絲密集成顏色深、質(zhì)地堅(jiān)硬的核狀體，叫做菌核(sclerotium)，小的形如鼠糞，大的比人頭還大，如茯苓。有些種的菌核有組織分化，外層為擬薄壁組織(pseudoparenchyma)，內(nèi)部為疏絲組織(prosenchyma)。有的菌核無分化現(xiàn)象。菌核是渡過不良環(huán)境的休眠體。很多高等真菌在生殖時(shí)期形成有一定形狀和結(jié)構(gòu)、能產(chǎn)生孢子的菌絲體，叫做子實(shí)體(sporophore)，如蘑菇的子實(shí)體傘狀，馬勃的子實(shí)體近球形。容納子實(shí)體的菌絲褥座狀結(jié)構(gòu)，叫做子座(stroma)。子座是真菌從營養(yǎng)階段到繁殖階段的一種過渡形式，也有擬薄壁組織和疏絲組織分化，如冬蟲夏草菌從蝙蝠蛾科昆蟲的幼蟲尸體上長出的棒狀物，麥角菌核上萌發(fā)生成的紅頭紫柄就是子座。子座形成以后，其上產(chǎn)生許多子囊殼即子實(shí)體，子囊殼中產(chǎn)生子囊和子囊孢子。
真菌的繁殖方式有營養(yǎng)繁殖、無性生殖和有性生殖三種。
營養(yǎng)繁殖中常見的如菌絲斷裂，每一條斷裂的菌絲小段都可發(fā)育成一個(gè)新的菌絲體。有些單細(xì)胞真菌，如裂殖酵母以細(xì)胞分裂方式進(jìn)行繁殖。有的從母細(xì)胞上以出芽方式形成芽孢子進(jìn)行繁殖，如釀酒酵母。有些真菌在不良環(huán)境中，其菌絲中間個(gè)別細(xì)胞膨大，細(xì)胞質(zhì)變濃形成一種休眠細(xì)胞，即厚壁孢子。
無性生殖產(chǎn)生各種類型的孢子，如孢囊孢子、分生孢子等。孢囊孢子是在孢子囊內(nèi)形成的不動孢子。分生孢子是由分生孢子梗的頂端或側(cè)面產(chǎn)生的一種不動孢子。這些無性孢子在適宜的條件下萌發(fā)形成芽管(germtube)，芽管又繼續(xù)生長而形成新的菌絲體。
有性生殖是很復(fù)雜的，方式是多樣的，有同配生殖、異配生殖、接合生殖、卵式生殖；通過有性生殖也產(chǎn)生各種類型的孢子，如子囊孢子、擔(dān)孢子等。真菌在產(chǎn)生各種有性孢子之前，一般經(jīng)過三個(gè)不同階段。第一是質(zhì)配階段，由兩個(gè)帶核的原生質(zhì)相互結(jié)合為同一個(gè)細(xì)胞。第二是核配階段，由質(zhì)配帶入同一細(xì)胞內(nèi)的兩個(gè)細(xì)胞核的融合。在低等真菌中，質(zhì)配后立即進(jìn)行核配。但在高等真菌中，雙核細(xì)胞要持續(xù)到相當(dāng)長的時(shí)間才發(fā)生細(xì)胞核的融合。第三是減數(shù)分裂，重新使染色體數(shù)目減為單倍體，形成四個(gè)單倍體的核，產(chǎn)生四個(gè)有性孢子。
真菌是一群數(shù)目龐大的生物類群，約有十萬余種。分布非常廣泛，從熱帶到寒帶，從大氣到水流，從沙漠、淤泥到冰川地帶的土壤，從動植物活體到它們的尸體均有真菌的蹤跡。