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      差異消減展示

      放大字體  縮小字體 發(fā)布日期:2006-07-06
      差異消減展示(differential subtraction display,DSD)是1998年Jose等針對(duì)差異展示的缺點(diǎn)而提出的改進(jìn)方法。此法可顯著降低假陽(yáng)性,增強(qiáng)重復(fù)性及敏感性,同時(shí)保持了對(duì)輕度、中等程度改變的(up- or down-regulation)RNA的識(shí)別。它的最大改進(jìn)是:在DDRT-PCR呈現(xiàn)出差異條帶之后,克隆差異條帶之前,先對(duì)PCR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行消減雜交,即在回收目的方差異條帶的同時(shí),回收對(duì)照方相應(yīng)范圍的條帶。回收的差異條帶用非生物素標(biāo)記的引物與dNTP進(jìn)行PCR擴(kuò)增,而對(duì)照方回收的產(chǎn)物用含生物素標(biāo)記的dATP的dNTP進(jìn)行PCR擴(kuò)增,其PCR產(chǎn)物進(jìn)行消減雜交,用鏈親和素-生物素磁珠分離系統(tǒng)去除雜交產(chǎn)物,剩下的產(chǎn)物由帶有α-32P dATP的dNTP進(jìn)行擴(kuò)增,可重復(fù)差異展示,增加差異條帶的特異性。實(shí)驗(yàn)證明,消減雜交使得輕度、中等程度改變的差異表達(dá)基因都能夠保留下來(lái),而假陽(yáng)性產(chǎn)物被去除。其它方面的改進(jìn)是:① 使用標(biāo)準(zhǔn)的oligo (dT)起始mRNA(不用總RNA)反轉(zhuǎn)錄合成cDNA。② 重復(fù)性好的雙引物擴(kuò)增所需的cDNA范圍很小,摸索合適的cDNA量對(duì)重復(fù)性很重要。③ 錨定引物具有擴(kuò)增優(yōu)勢(shì),為了克服這種優(yōu)勢(shì),增加隨機(jī)引物的濃度后發(fā)現(xiàn),隨著隨機(jī)引物濃度的增加,呈現(xiàn)出的條帶數(shù)顯著減少,這就是引物相互干擾,其原因可能有二:一方面5′端10bp的隨機(jī)引物不受mRNA 3′端限制,只是提供總的擴(kuò)增容量;另一方面,mRNA 3′端非翻譯區(qū)包含AT富集區(qū),使得錨定引物更易結(jié)合mRNA 3′端。因此,設(shè)計(jì)新的增強(qiáng)特異性及靈敏性的錨定引物更加必要。實(shí)驗(yàn)證實(shí),使用T12VNN(V=A、C or G;N=A、C、G or T)錨定引物比常規(guī)的T12VN錨定引物能呈現(xiàn)出更大量的差異條帶,而且具有更強(qiáng)的特異性及靈敏性,T12AA、T12AT、T12CT、T12GT不能產(chǎn)生清晰的差異條帶,只能出現(xiàn)smear現(xiàn)象,應(yīng)避免使用。④ 循環(huán)次數(shù)太多,引物消耗完后常導(dǎo)致高分子量smear現(xiàn)象。這主要原因是:PCR產(chǎn)物的3′-OH端相互退火,導(dǎo)致PCR循環(huán)期間產(chǎn)物末端被延伸或隨意終止,因此摸索最佳循環(huán)次數(shù)及退火溫度對(duì)消除假陽(yáng)性更具有意義。此技術(shù)最大的優(yōu)勢(shì)是獲得的差異條帶在RNA印跡上重現(xiàn)性好,保持了中等程度改變的差異表達(dá)基因的呈現(xiàn)與克隆。特別是長(zhǎng)距離PCR擴(kuò)增技術(shù)的運(yùn)用,使得此技術(shù)有可能成為目前篩選差異表達(dá)基因最有效的技術(shù)。它的唯一不足是步驟繁瑣、工作量大。
       

       

       
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