如何設計有效的siRNA一直是當前RNAi研究的熱點話題,不同的實驗室有不同的結果,生物通將陸續(xù)為你介紹有關siRNA設計的最新資訊。
1.從轉錄本(mRNA)的AUG起始密碼開始,尋找“AA”二連序列,并記下其3’端的19個堿基序列,作為潛在的siRNA靶位點。有研究結果顯示GC含量在30%—50%左右的siRNA要比那些GC含量偏高的更為有效。
Tuschl等建議在設計siRNA時不要針對5’和3’端的非編碼區(qū)(untranslated regions,UTRs),原因是這些地方有豐富的調控蛋白結合區(qū)域,而這些UTR結合蛋白或者翻譯起始復合物可能會影響siRNP核酸內切酶復合物結合mRNA從而影響siRNA的效果。
2.將潛在的序列和相應的基因組數(shù)據庫(人,或者小鼠,大鼠等等)進行比較,排除那些和其他編碼序列/EST同源的序列。例如使用BLAST
3.選出合適的目標序列進行合成。通常一個基因需要設計多個靶序列的siRNA,以找到最有效的siRNA序列。
負對照
一個完整的siRNA實驗應該有負對照,作為負對照的siRNA應該和選中的siRNA序列有相同的組成,但是和mRNA沒有明顯的同源性。通常的做法是將選中的siRNA序列打亂,同樣要檢查結果以保證它和其他基因沒有同源性。
如果計劃合成siRNA,那么可以直接提供以AA打頭的21個堿基序列,廠家會合成一對互補的序列。注意的是通常合成的siRNA是以3’dTdT結尾,如果要UU結尾的話通常要特別說明。有結果顯示,UU結尾和dTdT結尾的siRNA在效果上沒有區(qū)別。因為這個突出端無需和靶序列互補。