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      蛋白質(zhì)組研究酶解常見問題

      放大字體  縮小字體 發(fā)布日期:2006-07-01

      1. 用 Trypsin 酶解蛋白質(zhì)時(shí),碳酸氫氨的濃度應(yīng)該是多少?
      酶解時(shí)碳酸氫氨的濃度一般在 10 ~ 50 mM 之間。碳酸氫氨的作用主要是提供一個(gè)堿性的水解環(huán)境,因?yàn)?Typsin 的活力在 pH8 ~ 9 之間最高。最常用的碳酸氫氨濃度有 20 mM , 40 mM 。鹽濃度過大時(shí),后續(xù)的凍干過程中會有較多的鹽析出;鹽濃度過小時(shí),則不能有效的提供堿性 pH 的水解環(huán)境(尤其是在樣品的 pH 值低,而且體積大時(shí))。為了確定酶解體系的 pH 值,可以用

      2. Trypsin 儲存液的作用是什么?
      Trypsin 在 pH8 ~ 9 活力最高,所以為了防止酶的自水解, Trypsin 母液要處于一個(gè)酸性的環(huán)境里以便長期保存。 Trypsin 儲存液的 pH 大約是 5.3 ,是用來稀釋母液用的。如果所需的酶量較大,可以直接用碳酸氫氨溶液來稀釋母液。如果酶解的樣品少,可以用儲存液來稀釋,這樣剩余的酶液可以在 -800C 保存到下次使用。

      3. Roche 的酶和 Promega 的酶,那個(gè)更好?
      Roche 的酶有自降解,而 Promega 的酶基本上沒有自降解。由于酶的自降解峰可以用來做很好的內(nèi)標(biāo),所以一定限度的酶自降解對 MALDI 數(shù)據(jù)的校準(zhǔn)很有幫助。

      4. 什么情況下需要用 Ziptip 來處理樣品?
      當(dāng)樣品含有大量的鹽時(shí),需要用 Ziptip 來除鹽;當(dāng)樣品量很少,但體積比較大時(shí)( 20 微升以上)時(shí),需要用 Ziptip 來濃縮。如果樣品中有甘油, SDS ,或其他雜質(zhì)時(shí), Ziptip 的使用要格外當(dāng)心,在這種情況下, Ziptip 的填料容易被雜質(zhì)堵塞;另外 Ziptip 使用不當(dāng)時(shí),樣品會有損失。所以當(dāng)樣品比較珍貴(的來不易)時(shí),最好先用其他樣品做預(yù)實(shí)驗(yàn),摸順條件后,再作真正的樣品。

       

       

       
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