cDNA芯片與Oligo芯片、DNA芯片一樣歸屬于基因芯片，它是指對各種生物隨機(jī)克隆和隨機(jī)測序所得的cDNA片段進(jìn)行歸類，并把每一類cDNA片段的代表克隆（代表一個獨立基因 ）經(jīng)過體外擴(kuò)增，得到大小和序列不同的片段分別經(jīng)過純化后，利用機(jī)械手高速將它們高密度有序地點樣固定在玻片硅晶片或尼龍膜上，從而制備成cDNA微陣列，以此對各基因的表達(dá)情況進(jìn)行同步分析。
cDNA芯片可以檢測待測樣品中是否有與之互補(bǔ)的序列。將待測樣品中的mRNA被提取后，通過反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)過程獲得標(biāo)記熒光的cDNA，與包含上千個基因的cDNA微陣列進(jìn)行雜交反應(yīng)16小時后，將玻片上未互補(bǔ)結(jié)合反應(yīng)的片段洗去，再對玻片進(jìn)行激光共聚焦掃描，測定微陣列上各點的熒光強(qiáng)度，推算出待測樣品中各種基因的表達(dá)水平。
與傳統(tǒng)的檢測RNA表達(dá)水平的技術(shù)相比較，cDNA芯片具備高通量的優(yōu)勢，它越來越被研究人員應(yīng)用于基因表達(dá)檢測，通過定量監(jiān)測大量基因表達(dá)水平在闡述基因功能、探索疾病原因及機(jī)理、發(fā)現(xiàn)可能的診斷及治療靶等方面。