顯性假說首先由Bruce(1910)提出，后來Jones(1917)又進一步補充為顯性連鎖基因假說，簡稱顯性假說。該假說認為: 多數(shù)顯性基因有利于個體的生長和發(fā)育，相對的隱性基因不利于生長和發(fā)育。來自一個親本的顯性基因可以遮蓋來自另一親本的隱性基因，使得F1中具有比親本的顯性基因組合多，從而增加了雜合子代的生長勢。根據(jù)這個假說，雜合個體進行自交或近交就會增加子代純合體出現(xiàn)的機會，暴露出隱性基因所代表的有害性狀，因而造成自交衰退。該假說還認為: 具有雜種優(yōu)勢的性狀，例如產(chǎn)量等均為數(shù)量性狀，涉及到很多基因，并且有害的隱性基因和有利的顯性基因難免相連鎖，所以要把為數(shù)較多的有利基因全部以純合體狀態(tài)集中到一個自交后代個體中的概率是微乎其微的，因而不可能獲得一個同雜種生長勢一樣的自交系。
　　顯性假說強調(diào)顯性作用基因?qū)ψ魑镫s種優(yōu)勢的貢獻，同時也得到部分實驗結(jié)果的支持，但過于簡單化。
　　Bauman(1959)和Spragne等(1962)的研究結(jié)果顯示，玉米籽粒產(chǎn)量受顯性基因影響，Castro等(1968)和Eberhart等(1968)利用數(shù)學模型分析開放受粉作物栽培玉米的雙親、F1、F2和自交后代的籽粒產(chǎn)量，結(jié)果顯示顯性效應并不重要。Burton(1983)用顯性和非顯性兩種模型對玉米雜種優(yōu)勢進行了分析，指出，顯性效應并不是造成玉米雜種產(chǎn)量差異的主要原因。Xiao等(1995)用RFLP分子標記進行水稻數(shù)量性狀雜種優(yōu)勢遺傳基礎(chǔ)研究。他們選擇了12個涉及水稻產(chǎn)量有關(guān)的一系列數(shù)量性狀進行田間觀察與室內(nèi)分子標記多態(tài)性分析。他們的結(jié)果顯示: 水稻雜種優(yōu)勢與整個基因組的雜合性不存在相關(guān)性，特別是在F8代自交系中篩選到一些重要株系，其綜合表型優(yōu)于2個自交系親本的F1代; 因此他們認為，水稻雜種優(yōu)勢主要決定于親本基因的顯性互補。