限制酶 restriction enzyme 參與寄主支配性限制的酶。是可識別 DNA的特定堿基排列而切斷鏈的核酸內切酶，因此，又稱為核酸內切限制酶，目前已從各種細菌類中得到純化的特異性不同的酶。這種酶廣泛存在于生物界，并因生物種屬的不同而其特異性有所不同。因此在酶的名稱上加有生物種屬的簡稱。例如，從流感嗜血桿菌d（H－aemophilus influenzae d）菌株中分離出的酶稱為Hind限制酶或R．Hind（R為限制的縮寫）。又在同一生物種屬中含有復數(shù)的酶時，則再加上I，I等數(shù)字，從大腸桿菌的B株、K株等分離出來的酶，在反應時，必須有ATP、 S-腺苷蛋氨酸和Mg² 。與此相對應的，從持有耐藥因子的大腸桿菌中分離出的酶（R．Eco RⅠ，Ⅱ）和從嗜血桿菌屬（Haemoph-lius）分離出的酶（R．Hap， R．Hind， R．Hpa等），只需要Mg² 。這些酶決定著切斷部位的堿基排列。雖排列因酶而有所不同，但都是具有雙重旋轉對稱性。例如，R·HindⅡ如下圖所示，是在第6個堿基排列的部位按箭頭的位置切斷（A：腺苷，C：胞苷，G：鳥苷，T：胸苷，P：磷酸）：另一方面，該菌含有的修飾酶在上面排列的腺苷上（帶*號的）使其甲基化，一旦甲基化后限制酶就不起作用了。通常認為限制酶和修飾酶在結構上是有關連的，例如，大腸桿菌B株的限制酶是由三個亞基組成，而修飾酶是由其中的二個亞基組成。