檢查母種是每一個食用菌母種制作人員必須的工序之一，從菌種萌發(fā)開始每隔48小時就應檢查一次。檢查母種必須具備的前提是必須對該品種的特征特性有明確的了解，主要關(guān)注點是生長的適宜溫度、正常的長速和長相、適宜的培養(yǎng)基。并且使菌種處于標準環(huán)境條件下。這是因為任何品種的母種特性特征的所有數(shù)據(jù)都是在其一定條件下和最適條件下取得的。比如培養(yǎng)基不同，溫度的不同，菌種的長相和長速就有著顯著的差異。以平菇為例，使用普通綜合PDA培養(yǎng)基時，多數(shù)品種菌落潔白舒展，一周即可長滿斜面，但用加富培養(yǎng)基（楊樹皮浸出液）則氣生菌絲十分旺盛，菌落大大加厚，長速比普通綜合PDA培養(yǎng)基快24小時。在檢查母種時，一定要光線充足，霉菌還好說很容易觀察，關(guān)鍵是細菌，很小的一個乳白點（類似于鼻涕）稍不注意就被菌絲生長掩蓋，光線不足時，很難檢出。另外特別注意棉塞別潮濕，有時在試管里面棉塞處容易出現(xiàn)霉菌菌落，需細心觀察，稍不注意就容易造成生產(chǎn)中的隱患。

不論母種的生產(chǎn)量有多大，培養(yǎng)期的每次檢查都要逐一進行，不能只看大概。任何種類，任何品種，一旦忽視檢查，雜菌被食用菌菌絲掩蓋，都無從鑒別。

對那些菌種萌發(fā)不正常，生長過慢，生長不整齊，雜菌污染的母種應查明原因，及早淘汰。