指存在于細胞質(zhì)內(nèi),填充于核膜、網(wǎng)質(zhì)體、高爾基體等液泡系統(tǒng)與線粒體、葉綠體等膜狀構(gòu)造之間的連續(xù)性結(jié)構(gòu)。在電子顯微鏡下呈無結(jié)構(gòu)的部分,細胞質(zhì)基質(zhì)在細胞分區(qū)法方面,它是與除微粒體分區(qū)以外的上清分區(qū)相對應(yīng)的部分,它含有各種可溶性蛋白質(zhì)(例如構(gòu)成微管的蛋白質(zhì)的單量體)和酶(例如有關(guān)分解糖的各種酶)或核酸(例如轉(zhuǎn)移RNA)等。另外,一般認為細胞質(zhì)或原生質(zhì)的物理特性主要表現(xiàn)為這種細胞質(zhì)基質(zhì)的性質(zhì)。